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柚在淮北

新虫 (初入文坛)

[求助] 多重PCR引物的设计思路流程（融合基因）！！新手入门中。。各种问题。。

融合基因的四重PCR引物的设计，有什么常用的思路吗？如何入手？
用oligo来设计。是先需要把四个融合基因来多序列比对找出相似度低的区域吗？
我用vector NTI多序列比对，但是不知道如何从比对结果中找出相似度低的区段。
之后想加入探针，所以在设计引物时应该为探针留下多长的序列呢？探针应该放在融合点之前吗？那么在融合点之后需要留多少bp呢（想要检测融合点的基因，主要想扩增融合点的基因）？
总是有很多的二聚体，如何从对引物的条件设置上来减轻工作量呢？
问题太多了。。如果有经验的前辈，麻烦指点一二~选择性回答也行~急~
谢谢~~
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1楼 2012-04-18 22:21:19
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