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h411470316

铁虫 (初入文坛)

[求助] 琼脂糖电泳没有条带,但是DNA浓度很高,1000+ng/ul maker有条带

Sample Text本人最近几次PCR产物跑胶总是没条带,操作和以往经验一样,用1%的TBE琼脂糖凝胶电泳,跑25分钟左右,但是一直都没有条带,maker可以正常跑出,目的片段是750bp左右的片段,换了人操作,结果也是一样,但是测PCR产物DNA浓度的时候又有约1000+ng/ul,这是什么情况啊,求各位高人分析指点,小弟不甚感激!!!
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atlanticwi

金虫 (正式写手)

琴美喜欢发呆 不喜欢发脾气

引用回帖:
5楼: Originally posted by h411470316 at 2012-04-10 19:57:58:
不知道我这个情况是不是引物特异性不够强

针对你这种情况,我也明白你为什么扩不出来了,PCR是有模板量限制的,这很多人知道但不明白为什么。
举个例子来说,为什么PCR到40多循环进入平台期后就不再有高扩增效率,这并非是酶不强劲,现代重组工业生产的酶即使是在PCR循环后期仍旧活力很高。
同样这也不是组份消耗过多的问题,如果你加入两倍量dNTP、引物,到40循环左右仍旧会进入平台期,扩增效率下降。
问题在哪里,是聚合酶有倾向于结合完整双链的特点,如果退火条件稍差,模板-引物结合的趋势仍会逊于模板模板相结合,造成其对聚合酶的竞争效应,所以初始模板过多和循环一定程度这两种情况可以说是等同的。
所以,若你扩不出来东西,首先尝试调整条件,引物一般只要不是很夸张,一般PCR的应用是没有什么特异特异性的可言的
Let God do with it as He wills
6楼2012-04-10 21:02:58
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查看全部 8 个回答

atlanticwi

金虫 (正式写手)

琴美喜欢发呆 不喜欢发脾气

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西瓜: 金币+5, MolEPI+1, Good!有理有据! 2012-04-08 16:45:00
h411470316: 金币+9, ★★★★★最佳答案 2012-04-10 19:54:23
嗯.....................
说实话,你这个操作是个失误哦,你测PCR产物是通过分光光度法测定的吗?如果是,绝对不能这么操作的啊,原因有以下:
1. 你如何调Blank,PCR体系混杂,难道你要再配一管没模板的PCR混合液去调Blank的吗?
2. PCR都是成指数(理想状态)扩增,数十个循环的正常PCR产物去测光密度,可能都会暴表了。
3. 分光光度法又没法分辨你的产物和其他类型核酸的,所以你的引物在里边也会正常读出来的
所以确定有没有PCR产物只能是电泳或荧光定量的方法来检验
祝实验顺利,若有说错请高手指正哦
Let God do with it as He wills
2楼2012-04-07 23:36:00
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wtyyyyy1988

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西瓜: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-08 16:45:08
楼上说得很有道理,电泳都没跑出怎么测出PCR产物浓度,测出的估计是你那混合体系里的某种成分而已,marker可以跑出目的条带没有,那就是没有P出来。楼主还是检查下自己的引物有无问题,还是试剂有无问题,抑或是反应条件。祝实验顺利!

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
我就是我
3楼2012-04-08 00:08:57
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h411470316

铁虫 (初入文坛)

2楼说的很有道理,虽然没有完全解决我的疑惑,不过我学到的不少东西!以后我就用荧光定量,我的问题应该解决了,我用PCR产物为模板稀释100倍,再PCR,跑出了目的片段了
4楼2012-04-10 19:57:12
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