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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 利用CODEHOP和iCODEHOP 设计简 并引物
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shizishanshang

至尊木虫 (职业作家)

[资源] 利用CODEHOP和iCODEHOP 设计简 并引物

前面给人设计了几对简并引物，说以后给大家上传一个方法的文章。但是原帖子不能上传附件，所以就重新开一贴，放到这里来算了。
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  • 附件 1 : 利用CODEHOP和iCODEHOP 设计简.pdf
    • 2012-04-06 11:09:08, 249.94 K

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1楼2012-04-06 11:09:33
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shizishanshang

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
20楼: Originally posted by skjtg at 2012-06-10 23:35:32
>gi|376316684|emb|CCG00069.1| Cysteine sulfinic acid decarboxylase
MSYALKHTKQRKHTNREAHMILNDLNQPIIESTELDEFFEALCAANYENYEGLIKAHNINFETLLPFASW
SSKSYQRICLASNEECELILLCWDKGQKTPIHSHDGQKCWVYFAKGEFEEFLYA ...

上游引物1：GCAGTTATGTTTAATAATTCCATGtayacntayaa
配对下游引物1，2，3分别为：
CCACAGTGTCCAAAATTTCARNGCRTCRTT

TTCAGTGCATCATTTCGTCKNCCRCAYTG

ACTGTTGTGCCTGCTGTNGCRTTNAC

片段长度分别为：775，759，423 bp.

上游引物2：
AGGCACAACAGTTCTGggngcnttyga

与上面的下游引物1，2配对，长度分别为365，349 bp.

94度30妙秒，54退火1min, 72度延伸1min, 40个循环。 注意简并引物要比非简并引物多加些，一般要加倍。

做出来做不出来都给我说一声。

[ Last edited by shizishanshang on 2012-6-12 at 21:03 ]
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21楼2012-06-12 20:59:24
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skjtg

金虫 (初入文坛)
请高手帮看看这条蛋白序列的简并引物。
>gi|376316684|emb|CCG00069.1| Cysteine sulfinic acid decarboxylase [uncultured Flavobacteriia bacterium]
MSYALKHTKQRKHTNREAHMILNDLNQPIIESTELDEFFEALCAANYENYEGLIKAHNINFETLLPFASW
SSKSYQRICLASNEECELILLCWDKGQKTPIHSHDGQKCWVYFAKGEFEEFLYAKGEKNNLLQKNSVAEG
QVTFLTDEIGFHSLENKSSGLGMTLHLYANPITKCQVYSESKKEFENKELQYDIDLSDSNRDTEMSADLL
TFIQLSQELLKDENDNPVSQRIPSSELKKVLNIGLEENGINEDQFVETLKKIVLATPKTSSSLFFNQLFG
GRESKAVLGDLLAVMLNNSMYTYKVGGVQVGIEKEIINQVIDRLDYGPHAGGTFPSGGSMSNFMAILMAR
DKVNEVSRQTGLKINMIAYTSAESHYSIEKNAAFIGIGRENVRKIPVNEVGEMRVDSLKAAIDKDLEAGN
TPFFVNATAGTTVLGAFDPIKELGEVCRAYNIWMHVDGAYKGSVLLSEKYKHLLEGSNQADSFSFNPHKM
LGAPLTCSVIVVKDKKHLHDSFSNNAEYLYQTDEDDFNLGKTSFQCGRRNDALKLWTLWKSKGRKGLERI
VDKQFELADYAREYVRNHPDYELYSFDDSIAICFNYKNISADQLCTDLYEHDELMVGYGKFRENEFVRMV
TINHANTKEDIEHFFKVIEAFYTR
下面是我自己用PRIMER5.0做的引物，感觉简并度很高
上游引物：TYAAYCARYTNTTYGGNGG  
下游引物：：RTCRTTNCKNCKNCCRCA
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18楼2012-06-10 00:02:21
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shizishanshang

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
18楼: Originally posted by skjtg at 2012-06-10 00:02:21
请高手帮看看这条蛋白序列的简并引物。
>gi|376316684|emb|CCG00069.1| Cysteine sulfinic acid decarboxylase
MSYALKHTKQRKHTNREAHMILNDLNQPIIESTELDEFFEALCAANYENYEGLIKAHNINFETLLPFASW
SSKSYQRICLASNEECE ...

你这就一个蛋白的序列，没有办法做简并引物啊
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19楼2012-06-10 15:51:01
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skjtg

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
19楼: Originally posted by shizishanshang at 2012-06-10 15:51:01
你这就一个蛋白的序列，没有办法做简并引物啊...

>gi|376316684|emb|CCG00069.1| Cysteine sulfinic acid decarboxylase [uncultured Flavobacteriia bacterium]
MSYALKHTKQRKHTNREAHMILNDLNQPIIESTELDEFFEALCAANYENYEGLIKAHNINFETLLPFASW
SSKSYQRICLASNEECELILLCWDKGQKTPIHSHDGQKCWVYFAKGEFEEFLYAKGEKNNLLQKNSVAEG
QVTFLTDEIGFHSLENKSSGLGMTLHLYANPITKCQVYSESKKEFENKELQYDIDLSDSNRDTEMSADLL
TFIQLSQELLKDENDNPVSQRIPSSELKKVLNIGLEENGINEDQFVETLKKIVLATPKTSSSLFFNQLFG
GRESKAVLGDLLAVMLNNSMYTYKVGGVQVGIEKEIINQVIDRLDYGPHAGGTFPSGGSMSNFMAILMAR
DKVNEVSRQTGLKINMIAYTSAESHYSIEKNAAFIGIGRENVRKIPVNEVGEMRVDSLKAAIDKDLEAGN
TPFFVNATAGTTVLGAFDPIKELGEVCRAYNIWMHVDGAYKGSVLLSEKYKHLLEGSNQADSFSFNPHKM
LGAPLTCSVIVVKDKKHLHDSFSNNAEYLYQTDEDDFNLGKTSFQCGRRNDALKLWTLWKSKGRKGLERI
VDKQFELADYAREYVRNHPDYELYSFDDSIAICFNYKNISADQLCTDLYEHDELMVGYGKFRENEFVRMV
TINHANTKEDIEHFFKVIEAFYTR

>gi|88803186|ref|ZP_01118712.1| hypothetical protein PI23P_11377 [Polaribacter irgensii 23-P]
MSNITKDLAMFNELVEVLITEEGIHPVAERIEANKLYDVLDLSLNAEEMVDAEFKEVLRDVLVSTPKTAT
NLFFNQLFGGRQSKAVLGDLLAVLLNNSMYTYKVAGPQVGIEQEIIRQSCHLIGYGAASNGTFPTGGSMS
NYMALVMGRDAKDPECRLDGMTKPLIVYTSKEAHYSNDKNVSFAGIGRNNMRYIATDAEGRMLPRLLEAQ
IIEDMKNGGIPTYVNATAGTTVLGAFDPIDAIADITEKYEMWLHVDGAYCGSVIFSDQYKHLVSGVSRSN
SFSYNAHKMLGTPLTCSILLVNDKKHLHDSFSNDADYLYQTDGDDFNLGKTSFQCGRRNDALKFWTLWKS
IGTSGLKNIVDQQFSLADIALDYIRSHSEYTLYSFNDSISVCFNYKDIEPMALCTALYEQQITVVGFGSF
EEDTFVRLVTINANNEKVDILNFFHVLEAFVVKTPNLPKVLALQA

>gi|91214784|ref|ZP_01251757.1| diaminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase [Psychroflexus torquis ATCC 700755]
MQADLKVFQKISQKLIDYEQKEGVTKPIEANQLFETLDLDLDEEGLDEEKFESLLEDVVLSTPRTSTKLF
FNQLFGGRSHKGTLGELLAVMLNNSMYTYKVGGPQVGIEKAIIDKVCKMLNFGKNADGTFPPGGSMSNFM
AMLMGRDAYNRDIKLEGVSEKMIIYTSDTSHYSITKNAMFGGIGISQIRKIETDKFGKMKPLALQNQIEE
DMKHGFQPFFVNATAGTTVLGAFDDIEAIHHITKNYKNLWLHVDGAYCGSVIFSEKYKHLVDGVEHADSF
SFNAHKMLNVPLSCSILITKEKHNLKHSFACDADYLYQTDGDEYNLGKTSLQCGRRNDALKFWTLWKSVG
TKGLEQMVNQQFDLAETARTYIENHSDYKLYSYEDSISVCFNYKNIDPKDLCNSLYQDGKLMVGYGEFDG
ETFVRLVTINSTNRDKDILNFFKVMETYVAEKHEDLVTL

>gi|163787564|ref|ZP_02182011.1| Pyridoxal-dependent decarboxylase [Flavobacteriales bacterium ALC-1]
MQKDINIFIELVEQLLLEEKSQPVAKPIPTSDLYNQLDLSLNENGLIDDDLKNILKDIIKSTPKTASKSF
FNQLFGGRIGKAALGDLLAVMFNNSMYTYKVAGPHVGIEKQVIHNICELAGYSKNSDGTLAPGGSMSNMM
ALTMARDYKNGSIRTHGLNRLMTLYTSKESHYSISKNAALTGIGRNQVRHVNTNNKGELLAEHLGELVQK
DINDGYEPFFVNATAGTTVLGAFDDIEAISKVCKKHKLWLHVDGAYCGGVIFSKTYKQLIKGLELSDSFS
VNAHKMLGTPLSCSIIVTQHKAQLHHSFSNEADYLYQTDSDDFNLGKTSLQCGRRNDALKLWTLWKSIGT
NGLEKIVDKQFEMADIARTYINNHKDYTLHSFDDSISICFSYKDIAAKEICTALYENSKLMVGFGKFNNQ
EFVRMVTINSVLEKEDILAFFETLESYVSSTLLNISAS
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20楼2012-06-10 23:35:32
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hotjoker

铜虫 (小有名气)

★★★ 三星级,支持鼓励

受教了。感谢！
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27楼2012-08-08 15:49:09
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amethyst967

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

要学习简并引物设计～
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28楼2012-08-10 13:47:30
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hotjoker

铜虫 (小有名气)
没钱，下载不了。
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29楼2012-08-10 17:31:12
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hraikeyan

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

http://www.kazusa.or.jp/codon/cg ... robacterium&c=s是我所要从中克隆的菌种的密码子偏好性表。
现在已知A，B有已报道该酶活力，C,D,E••••••是我要克隆的菌同源性高的几种菌。能否花费您时间帮我看看，我设计的引物怎么样？个人感觉GC含量太高，TM值太大。但是这种酶本身的GC含量就是很高。我最后用touch-down条件没有P出东西，大侠看见您给一些虫友设计的引物都很好，所以特在这请教您。拜托了~
Up-1:CGCCGGCGTCCCnatgatgaayg
Up-2:CGGCAAGGCCGTCtgygargayyt
Up-3:CCATCGGCGGCGAYCARGGNGG
down-1:GGGAAGGCGCCGgtrtasggsac
down-2:GGCACGGTGATGgcsggrtgncc

>A:
1 mgiklptled lreiskqfnl dledeelksf lqllklqles yerldslpdy tprvkyqrtl
       61 grppmkeenp ygalvwitsi kgkeegklkg kricikdnvm iagipmlngs kmlegfvphm
      121 datvvsrild eageivaktt cedlcfsggs htsypwpvln prnpeymagg sssgsavava
      181 sgycdmavgg dqggsirips swvgiyglkp thglvpytga fsieptldhl gpmantvkdv
      241 allleviagr deldsrqpds lppppvkpys klidgdvkdm kvgivkegfn wsnsekdvde
      301 lvldsakkle dygikvedts iplhrmgldi wtpiaiegat atmilgsgvg wgrkglfetq
      361 iadffgnslk srardlpntv kgvlmlgylm ikmynnryya karnlsivlk eaydsalrky
      421 dalimpttpm kamryksepg fdeyfimalg minntapfdv tghpamnipv gysnglpvgl
      481 miigrhfeed kvlklanvfe rikk
>B:
1 mtvvlptpaq lldvakqcgl sltdadvasf rglmqgsida ynlvgampde lpevkyprtp
       61 gyrpspeenp rnawyrkstv kgaasgklkg ktvalkdnim lagvpmmngs atlegyvpdf
      121 dativtrmld agaeiagkvh cesfcmsggs htgavgavhn phkmgysagg sssgsgvvva
      181 lgevdmaigg dqggsirmps sfcgtygmkp twglvpytgi mpieifvdht gpmtatvadn
      241 alllevlagd dgydprikap kveeytkalg qgvkgmkigi lkegfeqpta eaavnesvre
      301 aakrfkdlga tvetvsipmh mvgpaiwtpi gtegmtqtmm ygdgyglsrs dlystslmdf
      361 hrgwrrqads lsettklfll lgtyinnsfg pryygkalni srrltaaydk afgeydllll
      421 pttpmkatkl peptasredy varalemian tapfdithhp aislpcgmvd glpvglmlvg
      481 rmfeestiyr aahafeqigd wkkm
>C:
1 msiqppdlaa fakaavdgel gikesdlaay haaaegllgs wrtveelyse iapiapkrsw
       61 srpaagdngl gawsvqtqlq evssgplagr tvvikdnvsv agvpmmngsr tlegfvpsed
      121 atvvtrllga gativgkavc edlcfsggsh tskpgpvrnp wnhahasggs ssgsgalvaa
      181 gevdmaiggd qggsiripaa fcgvvghkpt hglvpytggf pieqsidhlg pitrtvtdaa
      241 lmlsviagrd ekdprqpdri dpvdyvaalg esakglrvgv vtegfgrens epevddtvrs
      301 avetlrsvgl qaadvsipwh lyggalwdvl ategglsqmi dgnaygmnwk ghydpqliey
      361 ygrkwrsdps mfsetvklvi lagrhalatq hgrhyamarn laprlaaayd daldqydvlv
      421 mptlttrapv laapdgpvee tfsrafemlp qtspfditgh pactvpagla gglpvglmii
      481 gkrfhdatvl rvahafenav ggfplpiqer ska
>D:
1 mavpppdqka laaaaarygl slspadldsf qpfvhgllas wdaveelysa tapavpqrsw
       61 qrpddadnpy nawyvtteir gaadgplagr tvaikdntav agvpmmngsk tvegfvprrd
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      181 gvvdlatggd qggsvripaa ysgivghkpt hglvpytgaf pieqtidhlg pmtrtvadaa
      241 lvldviagpd gldprqpagl vtddysgala rsaaglrvgv vsegfghans dpgvdatvra
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      421 mptlpmtast ipgpdapree iitralemig ntcvtdvtgh patsvpagls gglpvgmmii
      481 grmfedatpl rvahtfeqav ggfpaptaat tgsqa
>E:
1 mpvrppdene vaalaasygm kptaeevaay tpivaaflts ydaveelyag iapqapddrp
       61 strpaeadnp lgawyvttei rgaaegplag rtvavkdnve vagvpmmngs htvegfvpre
      121 datvvtrlle agatitgksv cedlcfsggs htsvtgpvrn pwdpsrttgg sssgsaalva
      181 sgevdlavgg dqggsirmpa afsgivghkp thglvpytga fpieltldhl gpmtrtvada
      241 aamldvlagr dgddprqpad vvpeqyaaal dgdvaglrvg vvaqgfgwee lsedgvddtv
      301 raaaerlrel gievvdvdlp whrhalhvwn viatdgatvq mvegngygwn yegrydpeli
      361 ahygrqrrev vdrwsptvta valtgrwsle reqtrhyama qnlatevrrq ydaaladvdl
      421 lvmptvpmva peipapddpv etrvaralem ivncapfdvs ghpatsvpag lsqglpvgmm
      481 lvgrrfedtt plkvahafeq lvggfprppa r
>F:
  1 mairrpdtqd vaalaesygm hpgedavaty talidgslvs ydaveelyaa iapqapagrs
       61 gqrpdddanp lgawyvrtei tgapdgplag rtvavkdnta vagvpmmngs htlegfvptr
      121 datvvsrlla agatitgksv cedlcfsggs htsvtgpvrn pwdrsrttgg sssgsgalva
      181 agevdlglgg dqggsirmpa afcgvvghkp tfglvpytga fpieltidhl gpitrtvada
      241 alaldvlagr dgldprqpad lapeqyaaal ggdvaglrvg vvtqgfgweg lsepgvdetv
      301 raaaarlgel gievvevdlp whrhalhvwn viatdgaavq mvegngyghn wdgfydpeli
      361 ahygrqsrav adrwsptvtl valagrwsaq qeqtrhyama rdlvvevraq ydraladvdl
      421 llmptvpmva plipaaddpl evqvaralem ivntapfdvs ghpatsvpag lsdglpvgmm
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>G:
1 msvqrpdaea igvaaehfgl hldapareef vglvdgalgs ydvveelyaa svapvtpare
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      181 lvangdvdla iggdqggsir ipasfcgvvg hkptfglvpy tgafpierti dhvgpiartv
      241 adaalmlsvi agydgrdprq pesvsaadyl sslgdgvegm rigvvaegfg heasqaavdd
      301 tvqtaaqrft eagavveqvs iqwhrdafhv wnviatdgga yqmldgngyg lnagglydpe
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>H:
1 mtvirpndda igsaanrygl hldaatrqef aglvdgalgs ydvvddlyad esfsapsrdh
       61 atpdasdnpl gawyvttsis tatggpltgr rvaikdnvtv agvpmmngsr slegfvptrd
      121 atvvtrllda gatvagkavc edlcfsgssf tpatgpvrnp wdpdreaggs sggsaalvaa
      181 gdvdfaiggd qggsiripaa fcgvvghkpt fglvpytgaf piertidhlg pitrtvedaa
      241 lllsviagrd ghdprqpdnl vvddyvstld tgtdglrvgv vsqgfghans qpevddavra
      301 aahrfteagg vvdevsipwh lhafhvwnvi atdggayqml dgngyglnad glydpelmay
      361 faqhriqhad alsetvklva lcghhgvtal ggssygkarn lvpraraayd aalenydvlv
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>I:
1 mpvqrptpeq lrrsaehygl hldadavesf salvdaslls ydaveelhaa qspqpprrqh
       61 nkvadgenpl gawyvktdis sdvdgplsgr rvavkdniav agvpmmngsr slegfvpsrd
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>J:
1 mpsqtpgvte lspiadaygl glsegelaef vphvsevlrs wdlvdelyer erpdavtrtw
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>K:
1 mvrvpdpgrl veiarssfgl rlgeeearsf aglmeasias yrrldqlaep slpvkyprtg
       61 grrpepeenp lnawyyrcsi kgagegplag krvavkdnva vagvpmmngs atlegyvpef
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      301 raadtfrelg aevqevsipl hrdgihiwna iaiegatelm vrgngmgtnw eghystslld
      361 aywrgrtala gelsetvklt mltgqymrea yggryyarar nlarrlraay daaleradll
      421 lmptlpmkat kipapdapre evvaralemi pntcpfdvsg hpamnvpcgt seglpvgmml
      481 vgrkwdeetv lraarafekt gayras
>L:
1 mpvvpptlee laelaarhgf rlgeadrksf aglveanlaa heaverlytr sapsaphrdy
       61 ewpednplga wyvrtriapt gdgplsgrev vikdniavag vpmmngsrav egfvprrdat
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      181 adfaiggdqg gsvrmpaafc gvvghkpthg lvpytgafpi ettidhlgpm trtvrdaall
      241 lsvlagddgf dprqfrtpep pdylaaveqd irgvrvgvlt egfglpmsep gvddavraaa
      301 drlaaagavv sevsvpwhrd gldvwtvigt dgtarqmidg ngygmnvpgr ydpelmvhfa
      361 qgrrvhaddm sdtlktmilt gayaaerydm rhyamarela welragydaa ltevdvlvlp
      421 tvpyvakplp gpdatreerm inalgmvgnt apfdasghpa isvpaapvdg lptglmiagr
      481 rfddamclrv aaayerevgg fpvaar
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30楼2012-09-05 21:55:07
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宝宝曹野

新虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

学习中，多谢楼主~！
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31楼2012-09-10 09:30:30
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shiliu2011

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

万分感谢楼主，先自学，有不懂之处还回来请教！
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33楼2012-09-20 10:31:41
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bingyu810802

铜虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢楼主！
刚开始接触，正愁不知道从何下手呢。
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42楼2013-02-20 22:19:32
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某人zy

铜虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

学习一下 ~~
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48楼2013-03-07 20:12:11
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