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shizishanshang

至尊木虫 (职业作家)


[资源] 利用CODEHOP和iCODEHOP 设计简 并引物

前面给人设计了几对简并引物,说以后给大家上传一个方法的文章。但是原帖子不能上传附件,所以就重新开一贴,放到这里来算了。
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skjtg

金虫 (初入文坛)


引用回帖:
19楼: Originally posted by shizishanshang at 2012-06-10 15:51:01
你这就一个蛋白的序列,没有办法做简并引物啊...

>gi|376316684|emb|CCG00069.1| Cysteine sulfinic acid decarboxylase [uncultured Flavobacteriia bacterium]
MSYALKHTKQRKHTNREAHMILNDLNQPIIESTELDEFFEALCAANYENYEGLIKAHNINFETLLPFASW
SSKSYQRICLASNEECELILLCWDKGQKTPIHSHDGQKCWVYFAKGEFEEFLYAKGEKNNLLQKNSVAEG
QVTFLTDEIGFHSLENKSSGLGMTLHLYANPITKCQVYSESKKEFENKELQYDIDLSDSNRDTEMSADLL
TFIQLSQELLKDENDNPVSQRIPSSELKKVLNIGLEENGINEDQFVETLKKIVLATPKTSSSLFFNQLFG
GRESKAVLGDLLAVMLNNSMYTYKVGGVQVGIEKEIINQVIDRLDYGPHAGGTFPSGGSMSNFMAILMAR
DKVNEVSRQTGLKINMIAYTSAESHYSIEKNAAFIGIGRENVRKIPVNEVGEMRVDSLKAAIDKDLEAGN
TPFFVNATAGTTVLGAFDPIKELGEVCRAYNIWMHVDGAYKGSVLLSEKYKHLLEGSNQADSFSFNPHKM
LGAPLTCSVIVVKDKKHLHDSFSNNAEYLYQTDEDDFNLGKTSFQCGRRNDALKLWTLWKSKGRKGLERI
VDKQFELADYAREYVRNHPDYELYSFDDSIAICFNYKNISADQLCTDLYEHDELMVGYGKFRENEFVRMV
TINHANTKEDIEHFFKVIEAFYTR

>gi|88803186|ref|ZP_01118712.1| hypothetical protein PI23P_11377 [Polaribacter irgensii 23-P]
MSNITKDLAMFNELVEVLITEEGIHPVAERIEANKLYDVLDLSLNAEEMVDAEFKEVLRDVLVSTPKTAT
NLFFNQLFGGRQSKAVLGDLLAVLLNNSMYTYKVAGPQVGIEQEIIRQSCHLIGYGAASNGTFPTGGSMS
NYMALVMGRDAKDPECRLDGMTKPLIVYTSKEAHYSNDKNVSFAGIGRNNMRYIATDAEGRMLPRLLEAQ
IIEDMKNGGIPTYVNATAGTTVLGAFDPIDAIADITEKYEMWLHVDGAYCGSVIFSDQYKHLVSGVSRSN
SFSYNAHKMLGTPLTCSILLVNDKKHLHDSFSNDADYLYQTDGDDFNLGKTSFQCGRRNDALKFWTLWKS
IGTSGLKNIVDQQFSLADIALDYIRSHSEYTLYSFNDSISVCFNYKDIEPMALCTALYEQQITVVGFGSF
EEDTFVRLVTINANNEKVDILNFFHVLEAFVVKTPNLPKVLALQA

>gi|91214784|ref|ZP_01251757.1| diaminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase [Psychroflexus torquis ATCC 700755]
MQADLKVFQKISQKLIDYEQKEGVTKPIEANQLFETLDLDLDEEGLDEEKFESLLEDVVLSTPRTSTKLF
FNQLFGGRSHKGTLGELLAVMLNNSMYTYKVGGPQVGIEKAIIDKVCKMLNFGKNADGTFPPGGSMSNFM
AMLMGRDAYNRDIKLEGVSEKMIIYTSDTSHYSITKNAMFGGIGISQIRKIETDKFGKMKPLALQNQIEE
DMKHGFQPFFVNATAGTTVLGAFDDIEAIHHITKNYKNLWLHVDGAYCGSVIFSEKYKHLVDGVEHADSF
SFNAHKMLNVPLSCSILITKEKHNLKHSFACDADYLYQTDGDEYNLGKTSLQCGRRNDALKFWTLWKSVG
TKGLEQMVNQQFDLAETARTYIENHSDYKLYSYEDSISVCFNYKNIDPKDLCNSLYQDGKLMVGYGEFDG
ETFVRLVTINSTNRDKDILNFFKVMETYVAEKHEDLVTL

>gi|163787564|ref|ZP_02182011.1| Pyridoxal-dependent decarboxylase [Flavobacteriales bacterium ALC-1]
MQKDINIFIELVEQLLLEEKSQPVAKPIPTSDLYNQLDLSLNENGLIDDDLKNILKDIIKSTPKTASKSF
FNQLFGGRIGKAALGDLLAVMFNNSMYTYKVAGPHVGIEKQVIHNICELAGYSKNSDGTLAPGGSMSNMM
ALTMARDYKNGSIRTHGLNRLMTLYTSKESHYSISKNAALTGIGRNQVRHVNTNNKGELLAEHLGELVQK
DINDGYEPFFVNATAGTTVLGAFDDIEAISKVCKKHKLWLHVDGAYCGGVIFSKTYKQLIKGLELSDSFS
VNAHKMLGTPLSCSIIVTQHKAQLHHSFSNEADYLYQTDSDDFNLGKTSLQCGRRNDALKLWTLWKSIGT
NGLEKIVDKQFEMADIARTYINNHKDYTLHSFDDSISICFSYKDIAAKEICTALYENSKLMVGFGKFNNQ
EFVRMVTINSVLEKEDILAFFETLESYVSSTLLNISAS
20楼2012-06-10 23:35:32
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jinhx872楼
2012-04-06 13:56   回复  
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sjshvdc4楼
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angel19128楼
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2012-05-05 15:16   回复  
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sherrysure14楼
2012-05-16 11:18   回复  
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