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[资源]
利用CODEHOP和iCODEHOP 设计简 并引物
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| 前面给人设计了几对简并引物，说以后给大家上传一个方法的文章。但是原帖子不能上传附件，所以就重新开一贴，放到这里来算了。 |
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本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : 利用CODEHOP和iCODEHOP 设计简.pdf
2012-04-06 11:09:08, 249.94 K
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请高手帮看看这条蛋白序列的简并引物。 >gi|376316684|emb|CCG00069.1| Cysteine sulfinic acid decarboxylase [uncultured Flavobacteriia bacterium] MSYALKHTKQRKHTNREAHMILNDLNQPIIESTELDEFFEALCAANYENYEGLIKAHNINFETLLPFASW SSKSYQRICLASNEECELILLCWDKGQKTPIHSHDGQKCWVYFAKGEFEEFLYAKGEKNNLLQKNSVAEG QVTFLTDEIGFHSLENKSSGLGMTLHLYANPITKCQVYSESKKEFENKELQYDIDLSDSNRDTEMSADLL TFIQLSQELLKDENDNPVSQRIPSSELKKVLNIGLEENGINEDQFVETLKKIVLATPKTSSSLFFNQLFG GRESKAVLGDLLAVMLNNSMYTYKVGGVQVGIEKEIINQVIDRLDYGPHAGGTFPSGGSMSNFMAILMAR DKVNEVSRQTGLKINMIAYTSAESHYSIEKNAAFIGIGRENVRKIPVNEVGEMRVDSLKAAIDKDLEAGN TPFFVNATAGTTVLGAFDPIKELGEVCRAYNIWMHVDGAYKGSVLLSEKYKHLLEGSNQADSFSFNPHKM LGAPLTCSVIVVKDKKHLHDSFSNNAEYLYQTDEDDFNLGKTSFQCGRRNDALKLWTLWKSKGRKGLERI VDKQFELADYAREYVRNHPDYELYSFDDSIAICFNYKNISADQLCTDLYEHDELMVGYGKFRENEFVRMV TINHANTKEDIEHFFKVIEAFYTR 下面是我自己用PRIMER5.0做的引物，感觉简并度很高 上游引物：TYAAYCARYTNTTYGGNGG 下游引物：：RTCRTTNCKNCKNCCRCA |
18楼2012-06-10 00:02:21
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>gi|376316684|emb|CCG00069.1| Cysteine sulfinic acid decarboxylase [uncultured Flavobacteriia bacterium] MSYALKHTKQRKHTNREAHMILNDLNQPIIESTELDEFFEALCAANYENYEGLIKAHNINFETLLPFASW SSKSYQRICLASNEECELILLCWDKGQKTPIHSHDGQKCWVYFAKGEFEEFLYAKGEKNNLLQKNSVAEG QVTFLTDEIGFHSLENKSSGLGMTLHLYANPITKCQVYSESKKEFENKELQYDIDLSDSNRDTEMSADLL TFIQLSQELLKDENDNPVSQRIPSSELKKVLNIGLEENGINEDQFVETLKKIVLATPKTSSSLFFNQLFG GRESKAVLGDLLAVMLNNSMYTYKVGGVQVGIEKEIINQVIDRLDYGPHAGGTFPSGGSMSNFMAILMAR DKVNEVSRQTGLKINMIAYTSAESHYSIEKNAAFIGIGRENVRKIPVNEVGEMRVDSLKAAIDKDLEAGN TPFFVNATAGTTVLGAFDPIKELGEVCRAYNIWMHVDGAYKGSVLLSEKYKHLLEGSNQADSFSFNPHKM LGAPLTCSVIVVKDKKHLHDSFSNNAEYLYQTDEDDFNLGKTSFQCGRRNDALKLWTLWKSKGRKGLERI VDKQFELADYAREYVRNHPDYELYSFDDSIAICFNYKNISADQLCTDLYEHDELMVGYGKFRENEFVRMV TINHANTKEDIEHFFKVIEAFYTR >gi|88803186|ref|ZP_01118712.1| hypothetical protein PI23P_11377 [Polaribacter irgensii 23-P] MSNITKDLAMFNELVEVLITEEGIHPVAERIEANKLYDVLDLSLNAEEMVDAEFKEVLRDVLVSTPKTAT NLFFNQLFGGRQSKAVLGDLLAVLLNNSMYTYKVAGPQVGIEQEIIRQSCHLIGYGAASNGTFPTGGSMS NYMALVMGRDAKDPECRLDGMTKPLIVYTSKEAHYSNDKNVSFAGIGRNNMRYIATDAEGRMLPRLLEAQ IIEDMKNGGIPTYVNATAGTTVLGAFDPIDAIADITEKYEMWLHVDGAYCGSVIFSDQYKHLVSGVSRSN SFSYNAHKMLGTPLTCSILLVNDKKHLHDSFSNDADYLYQTDGDDFNLGKTSFQCGRRNDALKFWTLWKS IGTSGLKNIVDQQFSLADIALDYIRSHSEYTLYSFNDSISVCFNYKDIEPMALCTALYEQQITVVGFGSF EEDTFVRLVTINANNEKVDILNFFHVLEAFVVKTPNLPKVLALQA >gi|91214784|ref|ZP_01251757.1| diaminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase [Psychroflexus torquis ATCC 700755] MQADLKVFQKISQKLIDYEQKEGVTKPIEANQLFETLDLDLDEEGLDEEKFESLLEDVVLSTPRTSTKLF FNQLFGGRSHKGTLGELLAVMLNNSMYTYKVGGPQVGIEKAIIDKVCKMLNFGKNADGTFPPGGSMSNFM AMLMGRDAYNRDIKLEGVSEKMIIYTSDTSHYSITKNAMFGGIGISQIRKIETDKFGKMKPLALQNQIEE DMKHGFQPFFVNATAGTTVLGAFDDIEAIHHITKNYKNLWLHVDGAYCGSVIFSEKYKHLVDGVEHADSF SFNAHKMLNVPLSCSILITKEKHNLKHSFACDADYLYQTDGDEYNLGKTSLQCGRRNDALKFWTLWKSVG TKGLEQMVNQQFDLAETARTYIENHSDYKLYSYEDSISVCFNYKNIDPKDLCNSLYQDGKLMVGYGEFDG ETFVRLVTINSTNRDKDILNFFKVMETYVAEKHEDLVTL >gi|163787564|ref|ZP_02182011.1| Pyridoxal-dependent decarboxylase [Flavobacteriales bacterium ALC-1] MQKDINIFIELVEQLLLEEKSQPVAKPIPTSDLYNQLDLSLNENGLIDDDLKNILKDIIKSTPKTASKSF FNQLFGGRIGKAALGDLLAVMFNNSMYTYKVAGPHVGIEKQVIHNICELAGYSKNSDGTLAPGGSMSNMM ALTMARDYKNGSIRTHGLNRLMTLYTSKESHYSISKNAALTGIGRNQVRHVNTNNKGELLAEHLGELVQK DINDGYEPFFVNATAGTTVLGAFDDIEAISKVCKKHKLWLHVDGAYCGGVIFSKTYKQLIKGLELSDSFS VNAHKMLGTPLSCSIIVTQHKAQLHHSFSNEADYLYQTDSDDFNLGKTSLQCGRRNDALKLWTLWKSIGT NGLEKIVDKQFEMADIARTYINNHKDYTLHSFDDSISICFSYKDIAAKEICTALYENSKLMVGFGKFNNQ EFVRMVTINSVLEKEDILAFFETLESYVSSTLLNISAS |
20楼2012-06-10 23:35:32
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skjtg17楼
2012-06-09 23:50
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