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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 求解一个关于Dmol3 进行MD计算的小问题
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skkuwei

金虫 (正式写手)

[交流] 求解一个关于Dmol3 进行MD计算的小问题

想用MS里的Dmol模块尝试下MD计算 因为只是学习下简单的操作方法 问题如果太愚昧 还请包涵
1，进行计算的对象是一个包含100个原子左右的单个分子
2， 想看看在某一温度下 分子中可能会出现的断键 或者 通过其他小分子的进攻 可能会发生的一些化学反应

小女子的问题是：
1 需要给这个单一分子设定一个空间进行MD计算吗 如果需要的话怎么设置为好？
2 thermostat, Nose Q ratio, Nose chain length, Yoshida parameter这些选项和参数设置的功能和依据是什么？
3 Dmol MD计算要是不收敛 该调解什么参数为好？

回复即感恩！

谢谢

[ Last edited by skkuwei on 2013-6-11 at 14:56 ]
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1楼 2012-03-30 19:24:52
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huangll99

木虫 (职业作家)
★
skkuwei(金币+1): 谢谢参与
最近好多小女子啊
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3楼2012-03-30 21:48:48
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houfeifan

金虫 (小有名气)
★ ★
skkuwei(金币+1): 谢谢参与
zzy870720z: 金币+1, 鼓励交流 2012-03-31 15:26:08
看看dmol的help文件吧，一眼难尽啊，有些东西还是需要了解一下的
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4楼2012-03-30 22:04:44
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skkuwei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 409702500 at 2012-03-31 21:33:31:

要是能解答一下 就更好了
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6楼2012-04-01 21:14:57
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skkuwei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by houfeifan at 2012-03-30 22:04:44:
看看dmol的help文件吧，一眼难尽啊，有些东西还是需要了解一下的

谢谢 我会看的 要是能解答一下就更好了
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7楼2012-04-01 21:15:34
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lq6865387

木虫 (著名写手)
★
skkuwei(金币+1): 谢谢参与
我也想问问   我计算之后 出现的问题是：
Message: DMol3 job failed
Error: DMol3 exiting

Error: Instability in the thermostat.
Please restart the simulation with current geometry.
This will reset the thermostat.

不知道你有没有过类似的情况喽！
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9楼2012-04-29 09:59:13
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skkuwei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by lq6865387 at 2012-04-29 09:59:13:
我也想问问   我计算之后 出现的问题是：
Message: DMol3 job failed
Error: DMol3 exiting

Error: Instability in the thermostat.
Please restart the simulation with current geometry.
This will res ...

换一个恒温器试试 不要选默认那个 默认那个总提示不稳定
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10楼2012-04-30 18:20:02
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goldenfisher

金虫 (著名写手)
★
skkuwei(金币+1): 谢谢参与
为什么我回答在另外一个帖子的留言没有反应呢？难道我说的不对？我再发一遍：
热浴的选择会导致很多不确定因素。很多热浴都是为了控制温度而选择的非物理的方法，比如速度标定，比如Berdsen等等。有些方法不能很好的控制温度，这样会导致体系结构最终不是确定温度下的结构。分子动力学的目的也是目标之一，就是要正确采样，这是统计物理的基础。如果温度没有控制好，根本谈不上正确采样。很多情况下，热浴非物理，也无法真正采样。
Noose-Hoover (N-P)是目前相对来说采样和控温都较好的手段，所以官方采用，其温度性也不错。此外，还有Langevin这类随机采样的方法。相对来说，随机方法更符合物理实质，但是模拟时间相对要求较长。因此，不稳定很多是由于热浴不正确，也就是说温度控制不好导致的。选择正确的参数，采样NP或者Langevin，是比较理想的手段。
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11楼2012-05-01 11:39:47
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lq6865387

木虫 (著名写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by skkuwei at 2012-04-30 18:20:02:
换一个恒温器试试 不要选默认那个 默认那个总提示不稳定

给我推荐个 吧  用什么的  。。。。
    我做的 Mg2Ca
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12楼2012-05-01 15:19:52
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huangll99

木虫 (职业作家)
引用回帖:
11楼: Originally posted by goldenfisher at 2012-05-01 11:39:47:
为什么我回答在另外一个帖子的留言没有反应呢？难道我说的不对？我再发一遍：
热浴的选择会导致很多不确定因素。很多热浴都是为了控制温度而选择的非物理的方法，比如速度标定，比如Berdsen等等。有些方法不能很 ...

学习~~
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13楼2012-05-01 16:00:29
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zhaoweigang

金虫 (知名作家)
★
skkuwei(金币+1): 谢谢参与
这个问题吗太难，我火速赶往求救师傅。
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14楼2012-05-01 16:25:42
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skkuwei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by goldenfisher at 2012-05-01 11:39:47:
为什么我回答在另外一个帖子的留言没有反应呢？难道我说的不对？我再发一遍：
热浴的选择会导致很多不确定因素。很多热浴都是为了控制温度而选择的非物理的方法，比如速度标定，比如Berdsen等等。有些方法不能很 ...

你说的很好 Nose-Hoover (NH) 确实效果不错 还有NH chain 恒温效果也可以 Dmol3默认的Massive GGM 恒温器遇到的不稳定问题 可以通过改变恒温方法得到解决
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15楼2012-05-02 09:28:04
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skkuwei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by lq6865387 at 2012-05-01 15:19:52:
给我推荐个 吧  用什么的  。。。。
    我做的 Mg2Ca

用simple NH 或者NH chain 试试 还有time step的选择也很重要 Help 文件里面有解释你可以看看
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16楼2012-05-02 09:29:43
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lq6865387

木虫 (著名写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by skkuwei at 2012-05-02 09:29:43:
用simple NH 或者NH chain 试试 还有time step的选择也很重要 Help 文件里面有解释你可以看看

哦 哦  好的 我试试  谢啦
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17楼2012-05-02 13:29:00
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简单回复
xmcpp2楼
2012-03-30 19:43   回复  
skkuwei(金币+1): 谢谢参与
4097025005楼
2012-03-31 21:33   回复  
skkuwei(金币+1): 谢谢参与
skkuwei8楼
2012-04-01 21:15   回复  
引用回帖:
3楼: Originally posted by huangll99 at 2012-03-30 21:48:48: 最近好多小女子啊

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