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skkuwei

金虫 (正式写手)

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[交流] 求解一个关于Dmol3 进行MD计算的小问题

想用MS里的Dmol模块尝试下MD计算因为只是学习下简单的操作方法问题如果太愚昧还请包涵
1，进行计算的对象是一个包含100个原子左右的单个分子
2，想看看在某一温度下分子中可能会出现的断键或者通过其他小分子的进攻可能会发生的一些化学反应

小女子的问题是：
1 需要给这个单一分子设定一个空间进行MD计算吗如果需要的话怎么设置为好？
2 thermostat, Nose Q ratio, Nose chain length, Yoshida parameter这些选项和参数设置的功能和依据是什么？
3 Dmol MD计算要是不收敛该调解什么参数为好？

回复即感恩！

谢谢

[ Last edited by skkuwei on 2013-6-11 at 14:56 ]

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1楼 2012-03-30 19:24:52

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lq6865387

木虫 (著名写手)

应助: 137 (高中生)
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虫号: 1534707

★
skkuwei(金币+1): 谢谢参与

我也想问问我计算之后出现的问题是：
Message: DMol3 job failed
Error: DMol3 exiting

Error: Instability in the thermostat.
Please restart the simulation with current geometry.
This will reset the thermostat.

不知道你有没有过类似的情况喽！