| 查看: 2719 | 回复: 16 | |||
[交流]
求解一个关于Dmol3 进行MD计算的小问题
|
|||
|
想用MS里的Dmol模块尝试下MD计算 因为只是学习下简单的操作方法 问题如果太愚昧 还请包涵 1，进行计算的对象是一个包含100个原子左右的单个分子 2， 想看看在某一温度下 分子中可能会出现的断键 或者 通过其他小分子的进攻 可能会发生的一些化学反应 小女子的问题是： 1 需要给这个单一分子设定一个空间进行MD计算吗 如果需要的话怎么设置为好？ 2 thermostat, Nose Q ratio, Nose chain length, Yoshida parameter这些选项和参数设置的功能和依据是什么？ 3 Dmol MD计算要是不收敛 该调解什么参数为好？ 回复即感恩！ 谢谢 [ Last edited by skkuwei on 2013-6-11 at 14:56 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
关于如何从代码看上不上会
已经有18人回复
-
b口会评
已经有6人回复
-
信息学部会评时间
已经有3人回复
-
祈祷青基必中
已经有9人回复
-
在职考研
已经有7人回复
-
MSER送审了还被拒稿
已经有5人回复
-
硝基还原
已经有5人回复
-
化学口会评？应用基础研究和基础研究，希望能分开
已经有3人回复
-
今年E04面上
已经有21人回复
-
大龄残疾硕士的一点执念
已经有22人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请教关于本机的Dmol计算问题——望高手指点
已经有6人回复
- 为什么磁性体系用dmol3计算没有磁性？？
已经有6人回复
- 关于往所在学校提交书面申请材料的一个问题，求解
已经有6人回复
- 【求助】各位大侠！小女子求助钙钛矿结构计算磁性的问题？
已经有36人回复
- 【求助】关于用Dmol3做吸附的一个小问题，望指点
已经有9人回复
- 【求助】dmol3计算问题
已经有7人回复
- 【求助】MS5.0中Dmol3计算频率问题
已经有21人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
filecode有几个（（JTJC））
+1/563
-
]青岛市人才引进直事业编，93年，985硕，180 70，爱好弹吉他唱歌
+1/140
-
化学所分子识别实验室公开招聘项目聘用人员
+1/80
-
中国医学科学院苏州系统医学研究所胡士斌课题组科研助理招聘
+1/45
-
海南大学化学院，招聘2026科研助理，博士，博士后
+1/34
-
上海交通大学-化学化工学院 博士后招聘
+1/31
-
上海交通大学化工学院邱惠斌教授课题组招募科研助理、交流生
+1/31
-
北京师范大学(珠海)电催化方向招收2027年硕士研究生化学或材料方向
+1/28
-
中山大学孙逸仙纪念医院招收科研博士后
+1/16
-
澳大利亚昆士兰大学（UQ）】全奖PhD招生：碳捕集与液流电池储能方向
+1/10
-
香港科技大学（广州）收水文学方向科研助理/全奖博士
+1/10
-
香港理工大学诚聘研究助理1~2名
+1/9
-
悉尼大学-全奖PhD-电催化【实验】and【计算】
+1/6
-
圣路易斯华盛顿大学管建均教授课题组招聘博士后（2名）
+1/5
-
吉布斯自用能变、平衡常数、活度/分压计算
+1/4
-
Forestry Economics Review（《林业经济评论》）2026年第一期正式上线
+1/4
-
圣路易斯华盛顿大学管建均教授课题组招聘博士后（2名）
+1/2
-
重庆大学药学院沈宏城课题组招聘弘深青年教师/博士后
+1/2
-
上市公司招聘固废裂解处理博士与人工智能博士，可接受应届，需入站
+1/2
-
MPCVD工艺提质关键：钯膜超纯氢气纯化方案
+1/2
3楼2012-03-30 21:48:48
4楼2012-03-30 22:04:44
6楼2012-04-01 21:14:57
7楼2012-04-01 21:15:34
9楼2012-04-29 09:59:13
10楼2012-04-30 18:20:02
★
skkuwei(金币+1): 谢谢参与
skkuwei(金币+1): 谢谢参与
|
为什么我回答在另外一个帖子的留言没有反应呢？难道我说的不对？我再发一遍： 热浴的选择会导致很多不确定因素。很多热浴都是为了控制温度而选择的非物理的方法，比如速度标定，比如Berdsen等等。有些方法不能很好的控制温度，这样会导致体系结构最终不是确定温度下的结构。分子动力学的目的也是目标之一，就是要正确采样，这是统计物理的基础。如果温度没有控制好，根本谈不上正确采样。很多情况下，热浴非物理，也无法真正采样。 Noose-Hoover (N-P)是目前相对来说采样和控温都较好的手段，所以官方采用，其温度性也不错。此外，还有Langevin这类随机采样的方法。相对来说，随机方法更符合物理实质，但是模拟时间相对要求较长。因此，不稳定很多是由于热浴不正确，也就是说温度控制不好导致的。选择正确的参数，采样NP或者Langevin，是比较理想的手段。 |
11楼2012-05-01 11:39:47
12楼2012-05-01 15:19:52
13楼2012-05-01 16:00:29
，我火速赶往
求救师傅。 14楼2012-05-01 16:25:42
15楼2012-05-02 09:28:04
16楼2012-05-02 09:29:43
17楼2012-05-02 13:29:00
简单回复
xmcpp2楼
2012-03-30 19:43
回复
skkuwei(金币+1): 谢谢参与
2012-03-31 21:33
回复
skkuwei(金币+1): 谢谢参与
skkuwei8楼
2012-04-01 21:15
回复
