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[交流]
求解一个关于Dmol3 进行MD计算的小问题
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想用MS里的Dmol模块尝试下MD计算 因为只是学习下简单的操作方法 问题如果太愚昧 还请包涵 1，进行计算的对象是一个包含100个原子左右的单个分子 2， 想看看在某一温度下 分子中可能会出现的断键 或者 通过其他小分子的进攻 可能会发生的一些化学反应 小女子的问题是： 1 需要给这个单一分子设定一个空间进行MD计算吗 如果需要的话怎么设置为好？ 2 thermostat, Nose Q ratio, Nose chain length, Yoshida parameter这些选项和参数设置的功能和依据是什么？ 3 Dmol MD计算要是不收敛 该调解什么参数为好？ 回复即感恩！ 谢谢 [ Last edited by skkuwei on 2013-6-11 at 14:56 ] |
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3楼2012-03-30 21:48:48
4楼2012-03-30 22:04:44
6楼2012-04-01 21:14:57
7楼2012-04-01 21:15:34
9楼2012-04-29 09:59:13
10楼2012-04-30 18:20:02
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skkuwei(金币+1): 谢谢参与
skkuwei(金币+1): 谢谢参与
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为什么我回答在另外一个帖子的留言没有反应呢？难道我说的不对？我再发一遍： 热浴的选择会导致很多不确定因素。很多热浴都是为了控制温度而选择的非物理的方法，比如速度标定，比如Berdsen等等。有些方法不能很好的控制温度，这样会导致体系结构最终不是确定温度下的结构。分子动力学的目的也是目标之一，就是要正确采样，这是统计物理的基础。如果温度没有控制好，根本谈不上正确采样。很多情况下，热浴非物理，也无法真正采样。 Noose-Hoover (N-P)是目前相对来说采样和控温都较好的手段，所以官方采用，其温度性也不错。此外，还有Langevin这类随机采样的方法。相对来说，随机方法更符合物理实质，但是模拟时间相对要求较长。因此，不稳定很多是由于热浴不正确，也就是说温度控制不好导致的。选择正确的参数，采样NP或者Langevin，是比较理想的手段。 |
11楼2012-05-01 11:39:47
12楼2012-05-01 15:19:52
13楼2012-05-01 16:00:29
，我火速赶往
求救师傅。 14楼2012-05-01 16:25:42
15楼2012-05-02 09:28:04
16楼2012-05-02 09:29:43
17楼2012-05-02 13:29:00
简单回复
xmcpp2楼
2012-03-30 19:43
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skkuwei(金币+1): 谢谢参与
2012-03-31 21:33
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skkuwei(金币+1): 谢谢参与
skkuwei8楼
2012-04-01 21:15
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