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skkuwei

金虫 (正式写手)

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[交流] 求解一个关于Dmol3 进行MD计算的小问题

想用MS里的Dmol模块尝试下MD计算因为只是学习下简单的操作方法问题如果太愚昧还请包涵
1，进行计算的对象是一个包含100个原子左右的单个分子
2，想看看在某一温度下分子中可能会出现的断键或者通过其他小分子的进攻可能会发生的一些化学反应

小女子的问题是：
1 需要给这个单一分子设定一个空间进行MD计算吗如果需要的话怎么设置为好？
2 thermostat, Nose Q ratio, Nose chain length, Yoshida parameter这些选项和参数设置的功能和依据是什么？
3 Dmol MD计算要是不收敛该调解什么参数为好？

回复即感恩！

谢谢

[ Last edited by skkuwei on 2013-6-11 at 14:56 ]

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1楼 2012-03-30 19:24:52

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goldenfisher

金虫 (著名写手)

★
skkuwei(金币+1): 谢谢参与

为什么我回答在另外一个帖子的留言没有反应呢？难道我说的不对？我再发一遍：
热浴的选择会导致很多不确定因素。很多热浴都是为了控制温度而选择的非物理的方法，比如速度标定，比如Berdsen等等。有些方法不能很好的控制温度，这样会导致体系结构最终不是确定温度下的结构。分子动力学的目的也是目标之一，就是要正确采样，这是统计物理的基础。如果温度没有控制好，根本谈不上正确采样。很多情况下，热浴非物理，也无法真正采样。
Noose-Hoover (N-P)是目前相对来说采样和控温都较好的手段，所以官方采用，其温度性也不错。此外，还有Langevin这类随机采样的方法。相对来说，随机方法更符合物理实质，但是模拟时间相对要求较长。因此，不稳定很多是由于热浴不正确，也就是说温度控制不好导致的。选择正确的参数，采样NP或者Langevin，是比较理想的手段。