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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 求解一个关于Dmol3 进行MD计算的小问题
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skkuwei

金虫 (正式写手)

[交流] 求解一个关于Dmol3 进行MD计算的小问题

想用MS里的Dmol模块尝试下MD计算 因为只是学习下简单的操作方法 问题如果太愚昧 还请包涵
1，进行计算的对象是一个包含100个原子左右的单个分子
2， 想看看在某一温度下 分子中可能会出现的断键 或者 通过其他小分子的进攻 可能会发生的一些化学反应

小女子的问题是：
1 需要给这个单一分子设定一个空间进行MD计算吗 如果需要的话怎么设置为好？
2 thermostat, Nose Q ratio, Nose chain length, Yoshida parameter这些选项和参数设置的功能和依据是什么？
3 Dmol MD计算要是不收敛 该调解什么参数为好？

回复即感恩！

谢谢

[ Last edited by skkuwei on 2013-6-11 at 14:56 ]
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1楼 2012-03-30 19:24:52
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skkuwei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by lq6865387 at 2012-05-01 15:19:52:
给我推荐个 吧  用什么的  。。。。
    我做的 Mg2Ca

用simple NH 或者NH chain 试试 还有time step的选择也很重要 Help 文件里面有解释你可以看看
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16楼2012-05-02 09:29:43
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huangll99

木虫 (职业作家)
★
skkuwei(金币+1): 谢谢参与
最近好多小女子啊
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3楼2012-03-30 21:48:48
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houfeifan

金虫 (小有名气)
★ ★
skkuwei(金币+1): 谢谢参与
zzy870720z: 金币+1, 鼓励交流 2012-03-31 15:26:08
看看dmol的help文件吧，一眼难尽啊，有些东西还是需要了解一下的
赞一下 回复此楼
4楼2012-03-30 22:04:44
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skkuwei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 409702500 at 2012-03-31 21:33:31:

要是能解答一下 就更好了
赞一下 回复此楼
6楼2012-04-01 21:14:57
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skkuwei8楼
2012-04-01 21:15   回复  
引用回帖:
3楼: Originally posted by huangll99 at 2012-03-30 21:48:48: 最近好多小女子啊

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