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忆-雪

银虫 (小有名气)

[求助] 急求RT-PCR电泳图分析已有1人参与

急求各位高手忙我分析分析这是什么原因,第一张和第3张图右边的条带呈涂抹状,这是为什么?
图1:退火温度55度,为什么与marker相邻的两孔目的条带上下有条带,而另外两空却没有?(前两空和后两空模板合成时间不一样,后两孔模板合成快1周了,前两空是今天合成的。)
图2:退火温度58度,为什么后面几个条带呈涂抹状,是因为退火温度太高了吗?内参条带很亮,内参条带旁边的两空的条带跟我参考的文献片段长短不一样,文献报道是266bp,而我扩增出来的是300多bp,我合成的引物跟文献完全一致,这是为什么,难道这不是我的目的基因吗?我重复试验3次,结果都一样。
图3:退火温度48度,结果同图2后面条带一致,呈涂抹状,我试过50度,55度,结果都是涂抹状,这是为什么?
扩增体系是20ul,其中引物1ul,cDNA2ul
PCR条件:94度,5min;94度 30s;退火温度上述温度;72度45s,循环30次,72度 7min.

现在很是惆怅,希望各位高手帮我这菜鸟分析分析!

内参图,退火温度55度



内参和样品图



48度样品图
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jocelyn2012

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
8楼: Originally posted by 忆-雪 at 2012-03-30 10:30:20:
我的DNA电泳检测5s,18s,28s全都有,应该没有降解吧

话说5s,18s,28s这是说RNA的吧
18楼2012-04-29 14:23:03
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jocelyn2012

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
西瓜: 金币+3, 鼓励交流~ 2012-04-29 17:31:39
出现smear情绪应该很纠结,一,你要的东西存在;二、条件不对,还有漫长的路在前方等待。
提供点意见供参考:1,找台梯度PCR仪从45度到65度范围内(可适当调整)做个退火温度的PCR,找出最佳退火温度。循环数尽量不要太大(20-30),若担心量少看不见,可以跑胶时多上点样。2,300bp的话延伸时间20s就够了,不要浪费时间,还容易扩出杂带(此点与smear关系不大)
19楼2012-04-29 14:32:43
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