| 查看: 1882 | 回复: 5 | ||||
[求助]
游离水加氢问题
|
| 请问各位有经验的人们：由于晶体中的游离水的氢无法加上，导致A.B类错误的产生，审稿人让解释其原因。我尝试通过增大鬼峰以及ｗｉｎｇｘ都无法将氢加上。请问各位我该如果回答审稿人的问题呢？有没有可参考的英文回复呢？这样可以消除他们的疑问，谢谢。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 单晶解析 | 单晶解析问题集锦 |
» 猜你喜欢
MOF合成
已经有0人回复
-
请问各位大佬ACS投稿状态这样是成功了吗？
已经有6人回复
-
无机化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有142人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
求助一个比较菜的问题：游离的水分子上的氢怎么加？
已经有8人回复- B类错误420及游离水加氢问题
已经有13人回复
- ICC投稿的几个问题
已经有7人回复
- 游离水不加氢该如何解释
已经有5人回复
- A类错误223究竟该如何处理
已经有4人回复
- Acta E是不是非得没有B类错误呢？看好了，是B类错误。还有其他什么杂志可以选择吗？
已经有6人回复
- 如何加游离水上的氢键？请达人讨论一下吧。有实例，有图有真相。
已经有4人回复
- 几个A类错误及游离水加氢问题处理
已经有5人回复
- 【求助】游离水分子理论加氢的命令
已经有4人回复
- 【讨论】晶体解析过程中有关游离水的理论加氢
已经有8人回复
- 【求助】游离水加不上氢要在文章的什么位置说明或者有什么加氢的方法介绍一下
已经有6人回复
- 【请教】质子化的水加氢【非常感谢】
已经有6人回复
- 【求助】如何解决高压釜水相加氢反应中金属催化剂的流失问题
已经有41人回复
dong.fy
金虫 (小有名气)
- 应助: 42 (小学生)
- 金币: 1296.8
- 散金: 33
- 红花: 7
- 帖子: 255
- 在线: 183.5小时
- 虫号: 601434
- 注册: 2008-09-13
- 专业: 天然药物化学
2楼2012-03-23 21:42:37
dong.fy
金虫 (小有名气)
- 应助: 42 (小学生)
- 金币: 1296.8
- 散金: 33
- 红花: 7
- 帖子: 255
- 在线: 183.5小时
- 虫号: 601434
- 注册: 2008-09-13
- 专业: 天然药物化学
★
lichun1210: 金币+1, 感谢回帖交流~ 2012-03-23 23:29:48
lichun1210: 金币+1, 感谢回帖交流~ 2012-03-23 23:29:48
|
论坛里摘录下来的方法： 处理水上H的一个小技巧 通常有机骨架上的C和N以及羟基（-OH）上的H都可以利用几何加氢的方法来处理，但是水分子上的氢却不能这样做。 在晶体学数据比较好的情况下，水分子的H原子在残余峰上还是有迹可循的。通常需要考虑两方面的因素： 1）H-O-H的键长和键角（个人认为键长应在0.65-1.15之间，键角在95-115之间）； 2）氢键，水分子的H应位于能形成合适的氢键位置上，而不是随意的位置。 基于以上两点考虑，在用SHELXTL程序精修时，在主体骨架都确定之后把残余峰的数量改为50，甚至更大（PLAN 50）,然后在O周围的残余峰中仔细辨认，把位置合适的残余峰定为H。 从残余峰中得到H原子，键长一般不是理想的键长，而且位置在经修过程可能会发生改变，为了解决这些问题，我们可以这样来做。 在精修以前打开*.ins文件，找到先前确定的H原子，如： H1 x1 y1 z1 11.0000 0.05 H2 x2 y2 z2 11.0000 0.05 加入 AFIX 3的指令可以把找到的H固定，同时把H的温度因子固定为父原子的1.2倍。改为如下： AFIX 3 H1 x1 y1 z1 11.0000 -1.2000 H2 x2 y2 z2 11.0000 -1.2000 AFIX 0 改完保存之后再做精修。（解决H原子位置变化的问题） H-O的键长，可以在xp界面下用himp指令来解决。 运行xp时，在file之前运行一次HIMP，就可以把H－O调整为理想的0.85A。 这样就基本上可以得到较好的水分子的H原子了。 此外还可以通过WinGX程序包中的CACL-OH来计算水上的H原子。 如果以上两种方法都得不到较好的H原子，建议放弃加氢，因为并不一定每个结构中的水分子的氢都能确定，虽然理论存在可能性。 |
3楼2012-03-23 21:44:37
sea6002
木虫 (正式写手)
- 应助: 17 (小学生)
- 金币: 1770.3
- 散金: 20
- 红花: 2
- 帖子: 674
- 在线: 79.9小时
- 虫号: 582734
- 注册: 2008-07-25
- 性别: GG
- 专业: 色谱分析
4楼2012-03-23 21:58:20
5楼2012-03-26 15:20:32
460784252
木虫 (正式写手)
屌丝
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 3219.5
- 散金: 627
- 红花: 7
- 帖子: 449
- 在线: 220.4小时
- 虫号: 2314605
- 注册: 2013-02-28
- 性别: GG
- 专业: 无机非金属类光电信息与功
6楼2014-09-26 09:59:56