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wzgynkmlhf金虫 (著名写手)
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[交流]
如何加游离水上的氢键？请达人讨论一下吧。有实例，有图有真相。 已有2人参与
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Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and D-H d(D-H) d(H..A) O1W-H2W 0.857 1.856 172.31 2.708 O2W [ -x, y-1, -z+1/2 ] O1W-H1W 0.857 1.873 170.87 2.723 O3W O2W-H4W 0.860 2.003 168.82 2.852 O3W [ x, -y+1, z+1/2 ] O2W-H3W 0.860 ------------------------------------------------------------------------------ Alternative approximate positions for H attached to O2W: 0.0522 1.0761 0.4184 O..O1W [ -x, y+1, -z+1/2 ] 2.708 O3W-H5W 0.860 2.267 119.14 2.789 O5W [ -x+1/2, y-1/2, -z+1/2 ] O3W-H6W 0.859 ------------------------------------------------------------------------------ Alternative approximate positions for H attached to O3W: 0.0778 0.0955 0.1503 O..O1W 2.723 O4W-H7W 0.860 2.235 132.79 2.889 N2 O4W-H8W 0.860 2.166 163.08 2.999 N3 [ x, -y, z-1/2 ] O5W-H9W 0.858 2.140 163.22 2.972 N3 [ -x+1/2, y+1/2, -z+1/2 ] O5W-H10W 0.860 2.012 149.83 2.789 O3W [ -x+1/2, y+1/2, -z+1/2 ] 这些氢键是lst 文件中拷贝过来的。 图片是我上传checkcif文件的图示。 有个小木虫高人说，可以根据氢键重新定氢，但语焉不详。 请问达人，如何根据lst文件中的氢键表，重新定氢，改正我CIF中的417错误？ 一句话，两者怎么联系着看？ 谢谢。  |
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2楼2011-05-16 21:58:29
3楼2011-05-17 21:28:04
wzgynkmlhf
金虫 (著名写手)
- 应助: 3 (幼儿园)
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- 散金: 459
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- 帖子: 1263
- 在线: 507.2小时
- 虫号: 352471
- 注册: 2007-04-22
- 性别: MM
- 专业: 天然药物化学
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请问高手怎么换？能不能具体点呢？我看的是可以替换的为 O2W-H3W 0.860 ------------------------------------------------------------------------------ Alternative approximate positions for H attached to O2W: 0.0522 1.0761 0.4184 O..O1W [ -x, y+1, -z+1/2 ] 2.708 0.0522 1.0761 0.4184 这个换呢？ 而 O3W-H5W 0.860 2.267 119.14 2.789 O5W [ -x+1/2, y-1/2, -z+1/2 ] O3W-H6W 0.859 ------------------------------------------------------------------------------ Alternative approximate positions for H attached to O3W: 0.0778 0.0955 0.1503 O..O1W 2.723 是不是，换了以后，排列组合一下（即LST说的换了H3w H6W，那么就有三种排列了啊），然后看哪个最合适呢？ 请您指点。非常感谢。 |
4楼2011-05-17 21:31:07
5楼2011-05-18 09:20:24
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