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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 如何加游离水上的氢键？请达人讨论一下吧。有实例，有图有真相。
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wzgynkmlhf

金虫 (著名写手)

[交流] 如何加游离水上的氢键？请达人讨论一下吧。有实例，有图有真相。已有2人参与

Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   
O1W-H2W        0.857    1.856   172.31    2.708    O2W [ -x, y-1, -z+1/2 ]

O1W-H1W        0.857    1.873   170.87    2.723    O3W

O2W-H4W        0.860    2.003   168.82    2.852    O3W [ x, -y+1, z+1/2 ]

O2W-H3W        0.860
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O2W:
   0.0522  1.0761  0.4184  O..O1W [ -x, y+1, -z+1/2 ]  2.708   ------------------------------------------------------------------------------

O3W-H5W        0.860    2.267   119.14    2.789    O5W [ -x+1/2, y-1/2, -z+1/2 ]

O3W-H6W        0.859
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O3W:
   0.0778  0.0955  0.1503  O..O1W   2.723      0.1368  0.0905  0.1363  O..O4W   2.739      0.0998  0.0329  0.0888  O..O2W [ x, -y+1, z-1/2 ]  2.852   ------------------------------------------------------------------------------

O4W-H7W        0.860    2.235   132.79    2.889    N2

O4W-H8W        0.860    2.166   163.08    2.999    N3 [ x, -y, z-1/2 ]

O5W-H9W        0.858    2.140   163.22    2.972    N3 [ -x+1/2, y+1/2, -z+1/2 ]

O5W-H10W       0.860    2.012   149.83    2.789    O3W [ -x+1/2, y+1/2, -z+1/2 ]


这些氢键是lst 文件中拷贝过来的。

图片是我上传checkcif文件的图示。

有个小木虫高人说，可以根据氢键重新定氢，但语焉不详。

请问达人，如何根据lst文件中的氢键表，重新定氢，改正我CIF中的417错误？


一句话，两者怎么联系着看？

谢谢。
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1楼2011-05-16 16:08:44
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497426630

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
在XP里通过O与旁边原子的氢键来加氢的
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3楼2011-05-17 21:28:04
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
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lyl163com

金虫 (正式写手)
★ ★
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wsht212(金币+1): 2011-05-16 22:04:26
引用回帖:
Originally posted by wzgynkmlhf at 2011-05-16 16:08:44:
Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and  <DHA > 110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   <DHA    d(D..A)   A

O1W-H2W        0.857    1.856   172.31    2.708     ...

你用lst建议的坐标在ins文件中把其对应的坐标换一下就可以了！
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2楼2011-05-16 21:58:29
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wzgynkmlhf

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by lyl163com at 2011-05-16 21:58:29:
你用lst建议的坐标在ins文件中把其对应的坐标换一下就可以了！

请问高手怎么换？能不能具体点呢？我看的是可以替换的为
O2W-H3W        0.860
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O2W:
   0.0522  1.0761  0.4184  O..O1W [ -x, y+1, -z+1/2 ]  2.708   那是不是就说，O2W上的H3W的坐标用

  0.0522  1.0761  0.4184  
这个换呢？

而
O3W-H5W        0.860    2.267   119.14    2.789    O5W [ -x+1/2, y-1/2, -z+1/2 ]

O3W-H6W        0.859
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O3W:
   0.0778  0.0955  0.1503  O..O1W   2.723      0.1368  0.0905  0.1363  O..O4W   2.739      0.0998  0.0329  0.0888  O..O2W [ x, -y+1, z-1/2 ]  2.852   是不是说O3W上的H6W用这三个可以替换的坐标换呢？有三个的话，是不是每一个都要换了试试呢、

是不是，换了以后，排列组合一下（即LST说的换了H3w H6W，那么就有三种排列了啊），然后看哪个最合适呢？

请您指点。非常感谢。
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4楼2011-05-17 21:31:07
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lyl163com

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by wzgynkmlhf at 2011-05-17 21:31:07:
请问高手怎么换？能不能具体点呢？我看的是可以替换的为
O2W-H3W        0.860
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for  ...

是的，换完以后xl，再看ist文件，看有没有提示错误，没有的话就ok啦！
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5楼2011-05-18 09:20:24
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