应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 如何加游离水上的氢键？请达人讨论一下吧。有实例，有图有真相。
51/1返回列表
查看: 1880  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wzgynkmlhf

金虫 (著名写手)

[交流] 如何加游离水上的氢键？请达人讨论一下吧。有实例，有图有真相。 已有2人参与

Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   
O1W-H2W        0.857    1.856   172.31    2.708    O2W [ -x, y-1, -z+1/2 ]

O1W-H1W        0.857    1.873   170.87    2.723    O3W

O2W-H4W        0.860    2.003   168.82    2.852    O3W [ x, -y+1, z+1/2 ]

O2W-H3W        0.860
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O2W:
   0.0522  1.0761  0.4184  O..O1W [ -x, y+1, -z+1/2 ]  2.708   ------------------------------------------------------------------------------

O3W-H5W        0.860    2.267   119.14    2.789    O5W [ -x+1/2, y-1/2, -z+1/2 ]

O3W-H6W        0.859
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O3W:
   0.0778  0.0955  0.1503  O..O1W   2.723      0.1368  0.0905  0.1363  O..O4W   2.739      0.0998  0.0329  0.0888  O..O2W [ x, -y+1, z-1/2 ]  2.852   ------------------------------------------------------------------------------

O4W-H7W        0.860    2.235   132.79    2.889    N2

O4W-H8W        0.860    2.166   163.08    2.999    N3 [ x, -y, z-1/2 ]

O5W-H9W        0.858    2.140   163.22    2.972    N3 [ -x+1/2, y+1/2, -z+1/2 ]

O5W-H10W       0.860    2.012   149.83    2.789    O3W [ -x+1/2, y+1/2, -z+1/2 ]


这些氢键是lst 文件中拷贝过来的。

图片是我上传checkcif文件的图示。

有个小木虫高人说，可以根据氢键重新定氢，但语焉不详。

请问达人，如何根据lst文件中的氢键表，重新定氢，改正我CIF中的417错误？


一句话，两者怎么联系着看？

谢谢。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-05-16 16:08:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lyl163com

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
wsht212(金币+1): 2011-05-16 22:04:26
引用回帖:
Originally posted by wzgynkmlhf at 2011-05-16 16:08:44:
Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and  <DHA > 110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   <DHA    d(D..A)   A

O1W-H2W        0.857    1.856   172.31    2.708     ...

你用lst建议的坐标在ins文件中把其对应的坐标换一下就可以了！
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-05-16 21:58:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

497426630

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
在XP里通过O与旁边原子的氢键来加氢的
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-05-17 21:28:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wzgynkmlhf

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by lyl163com at 2011-05-16 21:58:29:
你用lst建议的坐标在ins文件中把其对应的坐标换一下就可以了！

请问高手怎么换？能不能具体点呢？我看的是可以替换的为
O2W-H3W        0.860
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O2W:
   0.0522  1.0761  0.4184  O..O1W [ -x, y+1, -z+1/2 ]  2.708   那是不是就说，O2W上的H3W的坐标用

  0.0522  1.0761  0.4184  
这个换呢？

而
O3W-H5W        0.860    2.267   119.14    2.789    O5W [ -x+1/2, y-1/2, -z+1/2 ]

O3W-H6W        0.859
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O3W:
   0.0778  0.0955  0.1503  O..O1W   2.723      0.1368  0.0905  0.1363  O..O4W   2.739      0.0998  0.0329  0.0888  O..O2W [ x, -y+1, z-1/2 ]  2.852   是不是说O3W上的H6W用这三个可以替换的坐标换呢？有三个的话，是不是每一个都要换了试试呢、

是不是，换了以后，排列组合一下（即LST说的换了H3w H6W，那么就有三种排列了啊），然后看哪个最合适呢？

请您指点。非常感谢。
赞一下 回复此楼
4楼2011-05-17 21:31:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lyl163com

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by wzgynkmlhf at 2011-05-17 21:31:07:
请问高手怎么换？能不能具体点呢？我看的是可以替换的为
O2W-H3W        0.860
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for  ...

是的，换完以后xl，再看ist文件，看有没有提示错误，没有的话就ok啦！
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-05-18 09:20:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wzgynkmlhf 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 国社科又开始会评了，不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 EZ67DG6CvcKL 2026-08-31 3/150 2026-08-31 22:23 by o3EMxHUAQDtS
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 EZ67DG6CvcKL 2026-08-31 3/150 2026-08-31 22:14 by o3EMxHUAQDtS
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 21:30 by xiangy672
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 5/250 2026-08-31 14:40 by hahaboy
[基金申请] 基金不中，共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭