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刚用MEGA5做的系统发育树，觉得不对劲，请高手来看一下。
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刚用MEGA5做的树，但是觉得结果不对劲，但是具体又不清楚。第一次做系统发育树，很多都不明白。 树种所有的菌种选择有没有什么要求？序列前处理截去两端不能完全配对部分需要截多少？另外一共有几种构树方法，如N-J法，各有什么区别，适用什么情况？用MEGA5构树过程中有没有什么参数要设置？ 请高手指教，万分感谢。  |
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rommel1941
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情定山河
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
隔夜凉白开: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢您，第一次做，一头雾水的感觉。 2012-03-22 19:35:23
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1.所分析的序列应该现在Clustalx或是在MEGA中直接比对，全部对齐后进行分析（一般以你选择的标记，序列最短的为准，如果你将短序列加入大量gap与长序列对齐耶可以，不过信息量会受影响，分析准确性会稍差）。 2.其他的构树方法还有Mrbayes、ML、、MP、NJ、UPGMA等，其中很多在MEGA中都能做，也有专业的软件，很多文献中都涉及到，找一下就好，都有连接。至于他们之间的区别真不是几句话能说清楚的，你还是慢慢研习，有问题及时说出来。 3.从你所建树的支持率（不知道你是否Bootstrap多少次）来看，你所选择的标记可能信息量还不太够，或是物种间本身差异就很少，这需要了解你的研究内容和目的，所用标记，才能具体分析。 4.MEGA是相对简单的软件，里边的参数并不是很多，希望你能认真把书名书在读一遍，不会很长时间，而且介绍很详细。 祝好运 |
2楼2012-03-22 00:03:26
