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zhangji3013

金虫 (小有名气)

[求助] NBO分析笼状结构

用gaussian作NBO分析,看碳硼笼里碳的成键形式,C应该是跟相邻的5个B都有键合,但是NBO只给出其中2,3个,距离稍远的B,NBO分析就没有键合,计算的基组已经比较大了6-311++G**,不知道是有成键显示的阈值,还是NBO分析就断定距离较远的两个原子没有成键。
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

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★ ★ ★
zhou2009: 金币+3 2012-03-21 20:25:14
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhangji3013 at 2012-03-15 10:12:55:
多谢,请问这个阈值可以再改小吗?

如果你非要让那几个没出现的键出现,就利用$CHOOSE选项,自行设定lewis图样(BD连接关系)。但是这些原本没出现的BD肯定占据数比较低。
笼状结构可能存在明显多中心键,强行以双中心键形式来分析,可能解释不清体系的电子结构本质。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

7楼2012-03-15 13:51:31
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普通回帖

xihuanhuan

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhangji3013: 金币+20, ★★★很有帮助 2012-03-15 10:13:28
如果两个原子的距离大于它所能成键的最大距离,那么它就不会成键,所以你应该让它和碳离得近些,在成键范围之内
2楼2012-03-14 16:20:55
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhou2009: 金币+3 2012-03-21 20:24:46
这和距离没有绝对关系。NBO程序会自动对每一对儿原子间搜索BD,如果BD的占据数高于阈值(比如1.9),那么就被认为是成键了。
如果找不到BD,某种程度上表明相应的键偏弱。在NBO模块中加入DETAIL关键词就可以看到具体的BD搜索过程。
基组对NBO分析结果影响不大,尤其是弥散函数影响甚微,6-31G*级别通常就够了。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2012-03-14 17:20:49
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zhangji3013

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xihuanhuan at 2012-03-14 16:20:55:
如果两个原子的距离大于它所能成键的最大距离,那么它就不会成键,所以你应该让它和碳离得近些,在成键范围之内

没有办法,优化的结构就是这样,碳硼笼里C的成键数大于4,所以有些键就是弱些,距离较远,一直理论上用离域轨道分析,但是我想看具体每个键的信息,NBO分析就认为那些距离较远的一点键合没有,所以困扰
4楼2012-03-15 10:11:46
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zhangji3013

金虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by sobereva at 2012-03-14 17:20:49:
这和距离没有绝对关系。NBO程序会自动对每一对儿原子间搜索BD,如果BD的占据数高于阈值(比如1.9),那么就被认为是成键了。
如果找不到BD,某种程度上表明相应的键偏弱。在NBO模块中加入DETAIL关键词就可以看到 ...

多谢,请问这个阈值可以再改小吗?
5楼2012-03-15 10:12:55
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zhangji3013

金虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
: Originally posted by sobereva at 2012-03-14 17:20:49:
这和距离没有绝对关系。NBO程序会自动对每一对儿原子间搜索BD,如果BD的占据数高于阈值(比如1.9),那么就被认为是成键了。
如果找不到BD,某种程度上表明相应的键偏弱。在NBO模块中加入DETAIL关键词就可以看到 ...

点快了,把金币全部给一楼了,sobereva
不好意思了
6楼2012-03-15 10:19:54
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zhangji3013

金虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by sobereva at 2012-03-15 13:51:31:
如果你非要让那几个没出现的键出现,就利用$CHOOSE选项,自行设定lewis图样(BD连接关系)。但是这些原本没出现的BD肯定占据数比较低。
笼状结构可能存在明显多中心键,强行以双中心键形式来分析,可能解释不清 ...

谢谢!
8楼2012-03-15 17:00:31
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ZJboy

木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by sobereva at 2012-03-14 17:20:49
这和距离没有绝对关系。NBO程序会自动对每一对儿原子间搜索BD,如果BD的占据数高于阈值(比如1.9),那么就被认为是成键了。
如果找不到BD,某种程度上表明相应的键偏弱。在NBO模块中加入DETAIL关键词就可以看到具 ...

找了这么久,终于得到一个最好的最好的答案了!感谢大神。那以后用NBO研究键级就不加弥散了。 但是,计算轨道成分需要加弥散吗?
9楼2012-08-19 22:08:40
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

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引用回帖:
9楼: Originally posted by ZJboy at 2012-08-19 22:08:40
找了这么久,终于得到一个最好的最好的答案了!感谢大神。那以后用NBO研究键级就不加弥散了。 但是,计算轨道成分需要加弥散吗?...

不需要。对于一些基于基函数的计算轨道成分的方法,比如Mulliken方法,加了弥散反倒会令结果不合理。
10楼2012-08-20 00:44:14
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