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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » NBO分析笼状结构
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zhangji3013

金虫 (小有名气)

[求助] NBO分析笼状结构

用gaussian作NBO分析，看碳硼笼里碳的成键形式，C应该是跟相邻的5个B都有键合，但是NBO只给出其中2,3个，距离稍远的B，NBO分析就没有键合，计算的基组已经比较大了6-311++G**，不知道是有成键显示的阈值，还是NBO分析就断定距离较远的两个原子没有成键。
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1楼 2012-03-09 15:06:31
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zhangji3013

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xihuanhuan at 2012-03-14 16:20:55:
如果两个原子的距离大于它所能成键的最大距离，那么它就不会成键，所以你应该让它和碳离得近些，在成键范围之内

没有办法，优化的结构就是这样，碳硼笼里C的成键数大于4，所以有些键就是弱些，距离较远，一直理论上用离域轨道分析，但是我想看具体每个键的信息，NBO分析就认为那些距离较远的一点键合没有，所以困扰
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4楼2012-03-15 10:11:46
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xihuanhuan

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhangji3013: 金币+20, ★★★很有帮助 2012-03-15 10:13:28
如果两个原子的距离大于它所能成键的最大距离，那么它就不会成键，所以你应该让它和碳离得近些，在成键范围之内
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2楼2012-03-14 16:20:55
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+3 2012-03-21 20:24:46
这和距离没有绝对关系。NBO程序会自动对每一对儿原子间搜索BD，如果BD的占据数高于阈值（比如1.9），那么就被认为是成键了。
如果找不到BD，某种程度上表明相应的键偏弱。在NBO模块中加入DETAIL关键词就可以看到具体的BD搜索过程。
基组对NBO分析结果影响不大，尤其是弥散函数影响甚微，6-31G*级别通常就够了。
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zhangji3013 zhangji3013
3楼2012-03-14 17:20:49
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zhangji3013

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by sobereva at 2012-03-14 17:20:49:
这和距离没有绝对关系。NBO程序会自动对每一对儿原子间搜索BD，如果BD的占据数高于阈值（比如1.9），那么就被认为是成键了。
如果找不到BD，某种程度上表明相应的键偏弱。在NBO模块中加入DETAIL关键词就可以看到 ...

多谢，请问这个阈值可以再改小吗？
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5楼2012-03-15 10:12:55
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