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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 引物设计的问题
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jingdejun

铁杆木虫 (小有名气)

[求助] 引物设计的问题

先说明一下，我是在前人的基础上做的实验，但是这个基础有点不扎实（因为她不是很懂分子方面的东西，为了毕业论文才硬着头皮做的）。

她利用真菌的通用引物从出发菌株（自己筛选的，后来鉴定出来是产黄青霉菌）中克隆出了一个核酸片段（号称是脂肪酶，因为原始菌株有脂肪酶活性），并且已测序。我就是在这个序列的基础上开展我的工作。我要做的是克隆和真核表达这个基因。

首先要设计引物。而第一步就是要找出保守序列。我通过ncbi的blast，发现此序列中只有一个保守区段（在上游），所以上游引物可以根据这个保守区段设计。

可是下游引物应该怎样办呢？

再就是即便我克隆出了这个片段，我怎样确定它就是对应的脂肪酶的基因呢？

本人第一次求助，希望可以得到帮助啊，谢谢。
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1楼 2012-03-06 14:03:15
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jingdejun

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by 2011jonathan at 2012-04-27 09:40:55:
楼主您好，想请教您“利用真菌的通用引物从出发菌株（自己筛选的，后来鉴定出来是产黄青霉菌）中克隆出了一个核酸片段），并且已测序”中的克隆出一个核酸片段是怎么克隆的啊，还有测序是怎么测的啊，还望明示

利用通用引物扩增得到的，只是这个菌的保守序列（对于我这个实验，是its序列），而这个序列因为它的保守性，可以用于做分子鉴定（因为这个菌是筛选出来的，需要进行形态学、生理生化、分子鉴定），而不是任何基因的序列。

假如这个菌确实可以表达某种酶的话，而你又想做这个基因的克隆，就必须设计相应的引物，选取合适的方法（这个一时半会说不清楚，就略过啦）。

关于测序，不是我们自己做的，一般都是送到一些基因测序公司。送的样品也分很多种，例如PCR产物、穿刺管、甘油管等等。

就这些，希望对你有点帮助。如果不明白，欢迎继续提问。
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12楼2012-04-28 09:12:31
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liuyu_sdili

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jingdejun(金币+2): ★有帮助 先鼓励一下。 2012-03-06 16:13:59
西瓜(金币+2): 鼓励应助！ 2012-03-07 12:20:33
估计你应该先做反转录。可以考虑一下扩增未知片段的一些方法，比先设计随机引物（用它作为下游引物）做个热不对称交错PCR（TAIL-PCR），然后再用RACE扩增两翼的片段。对于鉴定，应该需要做蛋白质序列分析与基因编码氨基酸的序列的比对吧~~~
一家之言，仅供参考~~~
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2楼2012-03-06 15:22:20
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jingdejun

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by liuyu_sdili at 2012-03-06 15:22:20:
估计你应该先做反转录。可以考虑一下扩增未知片段的一些方法，比先设计随机引物（用它作为下游引物）做个热不对称交错PCR（TAIL-PCR），然后再用RACE扩增两翼的片段。对于鉴定，应该需要做蛋白质序列分析与基因编 ...

巢式PCR的下游引物是简并引物啊。
用随机引物可以做吗？
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3楼2012-03-06 16:13:05
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liuyu_sdili

木虫 (正式写手)
这个，我的帖子里面好像没有提到过巢式pcr?
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4楼2012-03-06 19:55:58
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