24小时热门版块排行榜    

查看: 2932  |  回复: 13

jingdejun

铁杆木虫 (小有名气)

[求助] 引物设计的问题

先说明一下,我是在前人的基础上做的实验,但是这个基础有点不扎实(因为她不是很懂分子方面的东西,为了毕业论文才硬着头皮做的)。

她利用真菌的通用引物从出发菌株(自己筛选的,后来鉴定出来是产黄青霉菌)中克隆出了一个核酸片段(号称是脂肪酶,因为原始菌株有脂肪酶活性),并且已测序。我就是在这个序列的基础上开展我的工作。我要做的是克隆和真核表达这个基因。

首先要设计引物。而第一步就是要找出保守序列。我通过ncbi的blast,发现此序列中只有一个保守区段(在上游),所以上游引物可以根据这个保守区段设计。

可是下游引物应该怎样办呢?

再就是即便我克隆出了这个片段,我怎样确定它就是对应的脂肪酶的基因呢?

本人第一次求助,希望可以得到帮助啊,谢谢。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuyu_sdili

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jingdejun(金币+2): 有帮助 先鼓励一下。 2012-03-06 16:13:59
西瓜(金币+2): 鼓励应助! 2012-03-07 12:20:33
估计你应该先做反转录。可以考虑一下扩增未知片段的一些方法,比先设计随机引物(用它作为下游引物)做个热不对称交错PCR(TAIL-PCR),然后再用RACE扩增两翼的片段。对于鉴定,应该需要做蛋白质序列分析与基因编码氨基酸的序列的比对吧~~~
一家之言,仅供参考~~~
2楼2012-03-06 15:22:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jingdejun

铁杆木虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by liuyu_sdili at 2012-03-06 15:22:20:
估计你应该先做反转录。可以考虑一下扩增未知片段的一些方法,比先设计随机引物(用它作为下游引物)做个热不对称交错PCR(TAIL-PCR),然后再用RACE扩增两翼的片段。对于鉴定,应该需要做蛋白质序列分析与基因编 ...

巢式PCR的下游引物是简并引物啊。
用随机引物可以做吗?
3楼2012-03-06 16:13:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuyu_sdili

木虫 (正式写手)

这个,我的帖子里面好像没有提到过巢式pcr?
4楼2012-03-06 19:55:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jingdejun

铁杆木虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by liuyu_sdili at 2012-03-06 19:55:58:
这个,我的帖子里面好像没有提到过巢式pcr?

“热不对称交错PCR(TAIL-PCR)”,也叫巢式pcr。
5楼2012-03-06 20:53:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuyu_sdili

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
西瓜(金币+3): Good! 2012-03-07 12:20:10
这是两个不同的概念。
巢式PCR见http://baike.baidu.com/view/688277.htm
TAIL-PCR见附件文献。
TAIL-PCR 中需要用到巢式PCR,但两者并不等同。

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : 一种DNA侧翼序列分离技术_TAIL_PCR.pdf
  • 2012-03-06 21:35:03, 1.23 M
6楼2012-03-06 21:35:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jingdejun

铁杆木虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by liuyu_sdili at 2012-03-06 21:35:07:
这是两个不同的概念。
巢式PCR见http://baike.baidu.com/view/688277.htm。
TAIL-PCR见附件文献。
TAIL-PCR 中需要用到巢式PCR,但两者并不等同。

不要在纠结在这个问题上了。TAIL-PCR的下游引物也是简并引物。随机引物能做吗?
7楼2012-03-07 00:16:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (正式写手)


感谢参与,应助指数 +1
jingdejun(金币+1): 有帮助 谢谢你的回答。 2012-03-07 12:00:48
本帖仅楼主可见
8楼2012-03-07 09:03:01
已阅   申请MolEPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

jingdejun

铁杆木虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by 大-木-虫 at 2012-03-07 09:03:01:
可以用tail—PCR往下步移 或者你反转录出来 在3‘段加上一个接头引物和保守区配对

我的模板是基因组DNA,反转录应该不存在吧?莫非要提取mRNA?

“tail—PCR往下步移”?怎么个移法,引物的问题怎么解决?用随机引物作为下游引物吗?
9楼2012-03-07 12:00:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

玉面小达摩

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
根据你已知的这个片段,做RACE,得到cDNA全长,再做下一步。
对方归还借款
10楼2012-03-07 16:40:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jingdejun 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 EZ67DG6CvcKL 2026-08-31 3/150 2026-08-31 22:23 by o3EMxHUAQDtS
[公派出国] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 EZ67DG6CvcKL 2026-08-31 3/150 2026-08-31 22:22 by o3EMxHUAQDtS
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 EZ67DG6CvcKL 2026-08-31 3/150 2026-08-31 22:14 by o3EMxHUAQDtS
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 21:30 by xiangy672
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 基金不中,共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +6 gdd2018 2026-08-28 11/550 2026-08-30 08:58 by 超级无敌华子
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国际合作可查了,中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
信息提示
请填处理意见