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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber 二硫键问题
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sunmuer

木虫 (小有名气)

[求助] amber 二硫键问题

我用amber准备蛋白质时 check 说没有二硫键  可是我的pdb 文件是有二硫键的呀

SSBOND   1 CYS A   44    CYS A   51     pdb用记事本打开显示这样就是有二硫键呗  那我接着怎么处理呀
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出清水而不染
1楼 2012-03-05 11:08:43
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lpxmclt

新虫 (小有名气)
pdb4amber -i in.pdb -o out.pdb
能自动添加二硫键（如果初始结构不好不能自动添加，在tleap里面用bond命令手动添加二硫键）
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3楼2025-01-09 13:27:47
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苹果变菠萝

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sunmuer(金币+3): ★★★★★最佳答案, 谢谢，虽然已经解决 2012-03-14 06:51:49
将pdb文件中的CYS变为CYX
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2楼2012-03-13 19:54:47
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lpxmclt

新虫 (小有名气)
In your LEaP input file include:
AddPath SIRAH
source leaprc.sirah
For instance, a typical LEaP file for the protein 1CRN would look like:
✞ ☎
# Load SIRAH force field
addPath ./sirah.amber
source leaprc.sirah
# Load model
protein = loadpdb 1CRN_cg.pdb
# Info on system charge
charge protein
# Set S-S bridges
bond protein.3.BSG protein.40.BSG
bond protein.4.BSG protein.32.BSG
bond protein.16.BSG protein.26.BSG
# Add solvent, counterions and 0.15M NaCl
# Tuned solute-solvent closeness for best hydration
solvateOct protein WT4BOX 20 0.7
addIonsRand protein NaW 22 ClW 22
# Save Parms
saveAmberParmNetcdf protein 1CRN_cg.prmtop 1CRN_cg.ncrst
# EXIT
quit
✝ ✆
Notice that three disulfide bonds are created. For this to work, the Cysteine names in your PDB file must be
edited from their thiol name (see comment on residue naming below).
Thereafter it is just normal Amber stuff!
Step-by-step tutorials on different cases of interest can be found in $AMBERHOME/dat/SIRAH/tutorial/. In
particular, using input files and initialization protocols contained therein is strongly suggested. Note that the version
included in this release corresponds to the version SIRAH 2.1. We recommend users to check and download the
latest updates from www.sirahff.com.
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4楼2025-01-09 13:35:30
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