| 查看: 2011 | 回复: 3 | |||
[求助]
amber 二硫键问题
|
|
我用amber准备蛋白质时 check 说没有二硫键 可是我的pdb 文件是有二硫键的呀 SSBOND 1 CYS A 44 CYS A 51 pdb用记事本打开显示这样就是有二硫键呗 那我接着怎么处理呀 |
回复此楼» 猜你喜欢
289 分105500药学专硕求调剂(找B区学校)
已经有5人回复
-
291求调剂
已经有11人回复
-
304求调剂
已经有8人回复
-
求调剂推荐
已经有9人回复
-
求调剂
已经有12人回复
-
291求调剂
已经有13人回复
-
085404 22408 309分求调剂
已经有11人回复
-
求调剂
已经有7人回复
-
有没有接收比较快的sci期刊呀，最好在一个月之内的，研三孩子求毕业
已经有6人回复
-
307中医考研调剂
已经有9人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于amber动力学模拟中MM/GBSA的问题
已经有7人回复
- opls下L-J参数转换成amber下L-J参数的问题
已经有9人回复
- AMBER中qm/mm的问题
已经有5人回复
- [求助]AMBER数据分析问题
已经有9人回复
- 【转帖】用Amber+Gaussian做小分子力场
已经有16人回复
- 【求助】动力学模拟二硫键的影响
已经有7人回复
- 【求助】Amber中水分子的问题
已经有4人回复
- 【求助】AMBER11安装问题
已经有5人回复
苹果变菠萝
金虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 2125.7
- 散金: 52
- 红花: 3
- 帖子: 181
- 在线: 175.9小时
- 虫号: 1186835
- 注册: 2011-01-10
- 性别: MM
- 专业: 生物信息学
2楼2012-03-13 19:54:47
lpxmclt
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 867.7
- 帖子: 85
- 在线: 91.8小时
- 虫号: 3040659
- 注册: 2014-03-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
3楼2025-01-09 13:27:47
lpxmclt
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 867.7
- 帖子: 85
- 在线: 91.8小时
- 虫号: 3040659
- 注册: 2014-03-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
|
In your LEaP input file include: AddPath SIRAH source leaprc.sirah For instance, a typical LEaP file for the protein 1CRN would look like: ✞ ☎ # Load SIRAH force field addPath ./sirah.amber source leaprc.sirah # Load model protein = loadpdb 1CRN_cg.pdb # Info on system charge charge protein # Set S-S bridges bond protein.3.BSG protein.40.BSG bond protein.4.BSG protein.32.BSG bond protein.16.BSG protein.26.BSG # Add solvent, counterions and 0.15M NaCl # Tuned solute-solvent closeness for best hydration solvateOct protein WT4BOX 20 0.7 addIonsRand protein NaW 22 ClW 22 # Save Parms saveAmberParmNetcdf protein 1CRN_cg.prmtop 1CRN_cg.ncrst # EXIT quit ✝ ✆ Notice that three disulfide bonds are created. For this to work, the Cysteine names in your PDB file must be edited from their thiol name (see comment on residue naming below). Thereafter it is just normal Amber stuff! Step-by-step tutorials on different cases of interest can be found in $AMBERHOME/dat/SIRAH/tutorial/. In particular, using input files and initialization protocols contained therein is strongly suggested. Note that the version included in this release corresponds to the version SIRAH 2.1. We recommend users to check and download the latest updates from www.sirahff.com. |
4楼2025-01-09 13:35:30
20