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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 要哭了，使用AUTODOCK的大侠们来帮我看看，这个到底问题出在哪啊
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fight1man

金虫 (小有名气)

[求助] 要哭了，使用AUTODOCK的大侠们来帮我看看，这个到底问题出在哪啊

这是我的对接结果 ，同学的其他药物对接结果都好的，能量也比较低 构像数也多 我不知道为什么的能量不是很低  更奇怪的是 构像数最多的也只要两个
请大家帮我分析分析吧 我真的是焦头烂额了


可旋转是键数量



[ Last edited by fight1man on 2012-3-2 at 17:37 ]
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1楼 2012-03-02 13:44:01
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药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-04-22 09:45:02
可旋转键过多，解决的方法有二：
1、增加计算次数，获取更好的对接结果
2、简化分子，保留明显的药效团部分，如长的碳连可以简化为甲基。并且固定一些可以不用考虑的可旋转键。
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9楼2012-04-22 09:15:50
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gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok
不是很懂，不过你的键为什么会有那么多可旋转
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生命不止，奋斗不息；天赋人责，舍我其谁！
3楼2012-03-02 22:32:52
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-03 09:11:41
是不是你的小分子结构没有进行优化就直接进行docking了。
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书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。
4楼2012-03-03 11:06:23
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-03 09:11:47
只能这说，你的小分子的旋转键很多，有很多不同的构想能够满足对接的需求。唯一能说的是，最好能减少不必要的旋转键，再去对接
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5楼2012-03-03 13:33:54
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