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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 如何从下载的PDB文件中提取酶的活性中心
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xctry

铜虫 (小有名气)

[求助] 如何从下载的PDB文件中提取酶的活性中心

如题，望高手指点
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1楼 2012-02-25 14:03:07
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_steven

木虫 (正式写手)
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-27 17:09:19
首先你选择了这个酶肯定事先需要对它有一个了解，它是催化什么反应的，有没有改酶的结构结合了底物或小分子配体的，如果有小分子配体，那小分子配体所在的位置（一般以小分子配体为中心向外延伸6-8A所包含的酶上的残基）作为活性中心。
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5楼2012-02-27 16:51:04
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loudonghua

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
xctry(金币+1): 2012-02-25 21:33:26
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-26 08:11:14
个人觉得你如果知道此酶的活性中心有什么组成，你可以用atomselect 命令就可以提取，或者直接在原PDB文件中把此活性中心部分copy成新的pdb即可。
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2楼2012-02-25 18:18:33
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xctry

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by loudonghua at 2012-02-25 18:18:33:
个人觉得你如果知道此酶的活性中心有什么组成，你可以用atomselect 命令就可以提取，或者直接在原PDB文件中把此活性中心部分copy成新的pdb即可。

麻烦可以说的详细一点吗？我刚接触，都还不懂，呵呵，用什么软件啊，活性中心是从相对应的paper里就可以找到吗
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3楼2012-02-25 21:34:41
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loudonghua

银虫 (初入文坛)
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-27 10:24:51
用namd软件，酶活性中心应该可以在paper里查到，或者搜索一下。
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4楼2012-02-27 08:35:58
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