应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 如何从下载的PDB文件中提取酶的活性中心
71/1返回列表
查看: 3646  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xctry

铜虫 (小有名气)

[求助] 如何从下载的PDB文件中提取酶的活性中心

如题，望高手指点
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-02-25 14:03:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

loudonghua

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
xctry(金币+1): 2012-02-25 21:33:26
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-26 08:11:14
个人觉得你如果知道此酶的活性中心有什么组成，你可以用atomselect 命令就可以提取，或者直接在原PDB文件中把此活性中心部分copy成新的pdb即可。
赞一下 回复此楼
2楼2012-02-25 18:18:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xctry

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by loudonghua at 2012-02-25 18:18:33:
个人觉得你如果知道此酶的活性中心有什么组成，你可以用atomselect 命令就可以提取，或者直接在原PDB文件中把此活性中心部分copy成新的pdb即可。

麻烦可以说的详细一点吗？我刚接触，都还不懂，呵呵，用什么软件啊，活性中心是从相对应的paper里就可以找到吗
赞一下 回复此楼
3楼2012-02-25 21:34:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

loudonghua

银虫 (初入文坛)
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-27 10:24:51
用namd软件，酶活性中心应该可以在paper里查到，或者搜索一下。
赞一下 回复此楼
4楼2012-02-27 08:35:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

_steven

木虫 (正式写手)
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-27 17:09:19
首先你选择了这个酶肯定事先需要对它有一个了解，它是催化什么反应的，有没有改酶的结构结合了底物或小分子配体的，如果有小分子配体，那小分子配体所在的位置（一般以小分子配体为中心向外延伸6-8A所包含的酶上的残基）作为活性中心。
赞一下 回复此楼
5楼2012-02-27 16:51:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

364718174

铁虫 (初入文坛)
你可以对接一下，看下它的靶标在那个地方，多看文献
赞一下 回复此楼
蛟龙出海
6楼2012-03-16 10:07:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

charles08

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by loudonghua at 2012-02-25 18:18:33
个人觉得你如果知道此酶的活性中心有什么组成，你可以用atomselect 命令就可以提取，或者直接在原PDB文件中把此活性中心部分copy成新的pdb即可。

请教下：
这个atomselect 命令怎么用的？哪个软件？
赞一下 回复此楼
7楼2015-06-11 12:50:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xctry 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 3/150 2026-11-10 01:40 by FChKX8meu1ds
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 4/200 2026-11-10 01:29 by FChKX8meu1ds
[考博] 27博士申请 +3 白白白ly 2026-11-09 3/150 2026-11-09 21:39 by szq0819
[文学芳草园] 厉娜 +3 张丹枫1991 2026-11-09 5/250 2026-11-09 16:53 by 张丹枫1991
[考研] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 15/750 2026-11-09 13:19 by Equinoxhua
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 14/700 2026-11-09 11:52 by GwrQVVR6Oenx
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 16/800 2026-11-09 11:47 by GwrQVVR6Oenx
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 15/750 2026-11-09 11:41 by GwrQVVR6Oenx
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-09 00:14 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-08 23:01 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 9/450 2026-11-08 22:46 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 延安大学回应“副教授留绝笔信”：确已离世，正核实举报内容 +3 yexuqing 2026-11-04 5/250 2026-11-07 13:22 by 苏东坡二世
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 16:12 by 5sJFDKp2kwuI
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 11/550 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 12/600 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 kvewwGtKktqB 2026-11-04 16/800 2026-11-06 05:00 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 7/350 2026-11-06 02:13 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 02:04 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:02 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 hNpp4Y2CGvSC 2026-11-04 12/600 2026-11-06 01:53 by qL1cU46YIdK0
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭