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1楼2012-02-25 14:03:07

loudonghua

银虫 (初入文坛)

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jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-27 10:24:51

用namd软件，酶活性中心应该可以在paper里查到，或者搜索一下。

4楼2012-02-27 08:35:58

查看全部 7 个回答

loudonghua

银虫 (初入文坛)

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
xctry(金币+1): 2012-02-25 21:33:26
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-26 08:11:14

个人觉得你如果知道此酶的活性中心有什么组成，你可以用atomselect 命令就可以提取，或者直接在原PDB文件中把此活性中心部分copy成新的pdb即可。

2楼2012-02-25 18:18:33

xctry

铜虫 (小有名气)

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引用回帖:

楼: Originally posted by loudonghua at 2012-02-25 18:18:33:
个人觉得你如果知道此酶的活性中心有什么组成，你可以用atomselect 命令就可以提取，或者直接在原PDB文件中把此活性中心部分copy成新的pdb即可。

麻烦可以说的详细一点吗？我刚接触，都还不懂，呵呵，用什么软件啊，活性中心是从相对应的paper里就可以找到吗

3楼2012-02-25 21:34:41

_steven

木虫 (正式写手)

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jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-27 17:09:19

首先你选择了这个酶肯定事先需要对它有一个了解，它是催化什么反应的，有没有改酶的结构结合了底物或小分子配体的，如果有小分子配体，那小分子配体所在的位置（一般以小分子配体为中心向外延伸6-8A所包含的酶上的残基）作为活性中心。

5楼2012-02-27 16:51:04