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xctry

铜虫 (小有名气)

[求助] 如何从下载的PDB文件中提取酶的活性中心

如题,望高手指点
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loudonghua

银虫 (初入文坛)

jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-27 10:24:51
用namd软件,酶活性中心应该可以在paper里查到,或者搜索一下。
4楼2012-02-27 08:35:58
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loudonghua

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
xctry(金币+1): 2012-02-25 21:33:26
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-26 08:11:14
个人觉得你如果知道此酶的活性中心有什么组成,你可以用atomselect 命令就可以提取,或者直接在原PDB文件中把此活性中心部分copy成新的pdb即可。
2楼2012-02-25 18:18:33
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xctry

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by loudonghua at 2012-02-25 18:18:33:
个人觉得你如果知道此酶的活性中心有什么组成,你可以用atomselect 命令就可以提取,或者直接在原PDB文件中把此活性中心部分copy成新的pdb即可。

麻烦可以说的详细一点吗?我刚接触,都还不懂,呵呵,用什么软件啊,活性中心是从相对应的paper里就可以找到吗
3楼2012-02-25 21:34:41
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_steven

木虫 (正式写手)

jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-27 17:09:19
首先你选择了这个酶肯定事先需要对它有一个了解,它是催化什么反应的,有没有改酶的结构结合了底物或小分子配体的,如果有小分子配体,那小分子配体所在的位置(一般以小分子配体为中心向外延伸6-8A所包含的酶上的残基)作为活性中心。
5楼2012-02-27 16:51:04
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