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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

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[交流] 虫友结构解析修正问题解答实例已有47人参与

不断有虫友送结构给我看，或问些问题，其中很多是重复的。我想，还是慢慢整理在一起，放在这里，供初学者参考。

问题1.  虫友 abcd007140 2012-2-24  问:
解晶体时运行xprep时出现了一段红色的提示
no acceptable space group---change tolerances or unset chiral flag or possibly change input lattice type ,then recheck cell using H-option
不知什么意思如何处理

答：
你的这个问题，是由于该完全消光的点没有消光，导致程序不能自动判断出空间群。具体原因可能是晶体不够好，或衍射太强等。
具体到这个结构，实际上，在xprep时，可以看到 h00, 0k0, ool的点明显比其他点弱，是可以看作消光掉了。所以结构的空间群是P2(1)2(1)2(1). 这个我能自己判断出来。
你可能还不够熟悉，不能自己判断，那么就要改变那个tolerances ，这个怎么做呢？
在 xprep中，有一步是有那个 [T]选项，你把其中那个消光判据的sigma值改为 10，那么程序就能自动为你给出程序了，见我给你的.prp文件。
在.prp中，可见如下，其中倒数第二行，我是做了改变的：

TOLERANCES CHANGED

Maximum deviation (deg.) in higher symmetry cell search =  1.000
Threshold (deg.) for terminating search =  0.050
R(int) maximum for terminating cell search =  0.120
R(int) maximum for space group determination =  0.300
Minimum number of data in group for syst. absence test = 5
Maximum mean I/sigma(I) for systematic absences = 10.000
Minimum I/sigma gap between absences and rest =  5.000

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xi2004-emuch@163.com

1楼2012-02-25 13:02:29

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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

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lichun1210(CMEI+1): 辛苦~ 2012-03-04 07:15:29

实例4：
问:  您好！我是小木虫会员xiaofeixia80,还得麻烦您给我解一个有机物，原料和可能的生产物见附件中的scheme, 由于二溴甲烷没有纯化，可能晶体中还含有结晶水。附件中两个压缩文件是测晶体的老师还原数据时分别按单斜和正交给我还原的，麻烦您给我看看。金币一定奉上！

答：含卤素的结构经常不那么好解，正交C心的单胞有问题的几率大些。
你这个，既然正交解不出来，那么就该“曲线救国”，用三斜来解。
具体是根据xprep提示的原始矩阵，降低到P1.
降低到P1后，我一下子就解出来了。然后用platon的addsym-shx, 一下可以升到P21/c.  没有问题啦。
  不过，好像是原料。难道不是已知的？

.prp文件记录如下：

DETERMINATION OF REDUCED (NIGGLI) CELL

Transformation from original cell (HKLF-matrix):
0.0000  0.0000  1.0000 1.0000  0.0000  0.0000 0.5000  0.5000  0.0000

Unitcell:    5.791 7.498 13.750 74.18 90.00 90.00

Niggli form:    a.a =    33.54    b.b =    56.22    c.c = 189.05
               b.c =    28.11    a.c =    0.00    a.b =    0.00

-------------------------------------------------------------------------------

SEARCH FOR HIGHER METRIC SYMMETRY

------------------------------------------------------------------------------
Option A: FOM = 0.000 deg. ORTHORHOMBIC  C-lattice R(int) = 0.036 [  2138]
Cell: 7.498  26.457 5.791 90.00 90.00 90.00 Volume:    1148.87
Matrix: 1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000

Option A selected

-------------------------------------------------------------------------------

Matrix input to transform current cell:
0.0000  0.0000  1.0000 1.0000  0.0000  0.0000 0.5000  0.5000  0.0000

Transformation from original cell (HKLF-matrix):
0.0000  0.0000  1.0000 1.0000  0.0000  0.0000 0.5000  0.5000  0.0000

Unitcell:    5.791 7.498 13.750 74.18 90.00 90.00

SPACE GROUP DETERMINATION

Lattice exceptions:  P    A    B    C    I    F    Obv Rev All

N (total) =          0 1417 1358 1455 1294 2115 1837 1823 2757
N (int>3sigma) =    0 1142 1097 985 1049 1612 1493 1479 2236
Mean intensity = 0.0 90.3 91.6 77.4 80.7 86.3 84.4 85.3 83.9
Mean int/sigma = 0.0 12.5 12.6 10.5 12.6 11.9 12.4 12.5 12.4

Crystal system A and Lattice type P selected

Mean |E*E-1| = 0.761 [expected .968 centrosym and .736 non-centrosym]

Chiral flag NOT set
Systematic absences not required for triclinic

Option  Space Group  No.  Type  Axes  CSD  R(int) N(eq)  Syst. Abs. CFOM

[A] P-1          #  2  centro 1  8646  0.020  1376 0.0 / 12.4 5.09
[B] P1          #  1  chiral 1 700  0.020  1376 0.0 / 12.4 1.01

Option [B] chosen