虫友结构解析修正问题解答实例 - 晶体 - 晶体解析 - 第3页小木虫论坛-学术科研互动平台

陌生的路人

21楼2012-03-05 15:20:16

比古清十一郎

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22楼2012-03-05 16:40:27

xi2004

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lichun1210(金币+2): 感谢! 2012-03-10 18:53:02

实例5

问：目前我有个晶体解析了一部分，但是怎么解都解不下去了，R因子也一直降不下来，所以在这里想寻求您的帮助！

答：
1. 以后解不出来，可以降低到P1空间群解析。我就是用P1解出来，再用platon升回到P-1的
2. 这是已知的V10O28 结构。以后要注意查询icsd
附件是初步结果，因为和文献一样，就不继续了。

xi2004-emuch@163.com

23楼2012-03-10 18:07:01

xi2004

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lichun1210(金币+5): 辛苦~ 2012-03-11 12:31:08

实例6

问：打扰您了，我最近收录的一颗晶体，按非心空间群解的很好，但是flack很大0（0.9）。用PLATON升下空间群也升不上去，CIF check也没用A类B类错误。老师能帮我看下吗，我的这空间群解的是不是有问题呀？

答：
非心空间群Cmc21，flack 参数是 0.9, 这种情况在.ins中加move 0 0 0 -1就可以了。当然，特殊的几个空间群有自己的矩阵，这在shelx说明书中有。
另外，当不对称称单元某种原子只有一个时，也要给个数字，即不是"In"而是"In1"

xi2004-emuch@163.com

24楼2012-03-11 10:26:40

xi2004

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lichun1210(金币+1): 辛苦~ 2012-03-11 12:31:19

实例7
问：这个晶体我解了好久，都解不出来
答：这是已知的简单的无机物
两个教训
1. 收录晶体数据时，不能因为你加了有机物，就只查CCDC.尤其是单胞较小的时候，更应查ICSD,免得做无用功。更何况你的原料中并没有有机，那更应查icsd.
2. 虽然你加了Eu, I, 但化合物中并不一定就有这些。所以，你在直接法运行好后，不要想当然就相信shelxs指定的Eu,I等就是对的。要自己查看原子间距离。你会发现其距离比较符合V-O

xi2004-emuch@163.com

25楼2012-03-11 11:57:32

xi2004

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lichun1210: 金币+5, 辛苦~ 2012-03-20 13:02:26

实例8

问:
我在小木虫里的ID是zixy，最近在写一篇小文章时，发现以前解析过的一个一维的配位聚合物，没有氢键，应该是加氢引起的，但试了几次不知道怎么处理，主体结构都已解好，没有A类错误，数据请见附件！

答：
见附件。
纠正错误若干
1. 游离乙醇的 OH, CH3 搞反了。这里其实有两点已经提示你， a.你原来的投成OH的原子不形成氢键，b. O的Ueq偏大，而CH3的C的Ueq偏小。
2. 游离的乙醇离主题分子太远。这时应用arad 0.2 2 和sgen 来移动到与主体的乙醇形成氢键不用操作码的位置
3. 分子重心不在单胞内。
4. 原子排序了
5. 加了 omit -2 54, 这样完整度够了
6. 氢键产生了。具体可看我以前的贴。

还有一些alert b, c, 比如乙醇的sp3 c-c太短，没有加以解决。这涉及到给乙醇做统计分布的问题。如果审稿人不要求，不做也是可以的。