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xi2004至尊木虫 (职业作家)
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虫友结构解析修正问题解答实例已有47人参与
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不断有虫友送结构给我看，或问些问题，其中很多是重复的。 我想，还是慢慢整理在一起，放在这里， 供初学者参考。 问题1. 虫友 abcd007140 2012-2-24 问: 解晶体时 运行xprep时 出现了一段红色的提示 no acceptable space group---change tolerances or unset chiral flag or possibly change input lattice type ,then recheck cell using H-option 不知什么意思 如何处理 答： 你的这个问题，是由于该完全消光的点没有消光，导致程序不能自动判断出空间群。具体原因可能是晶体不够好，或衍射太强等。 具体到这个结构，实际上，在xprep时，可以看到 h00, 0k0, ool的点明显比其他点弱，是可以看作消光掉了。 所以结构的空间群是P2(1)2(1)2(1). 这个我能自己判断出来。 你可能还不够熟悉， 不能自己判断， 那么就要改变那个tolerances ，这个怎么做呢？ 在 xprep中，有一步是有那个 [T]选项， 你把其中那个消光判据的sigma值改为 10， 那么程序就能自动为你给出程序了，见我给你的.prp文件。 在.prp中，可见如下，其中倒数第二行，我是做了改变的： TOLERANCES CHANGED Maximum deviation (deg.) in higher symmetry cell search = 1.000 Threshold (deg.) for terminating search = 0.050 R(int) maximum for terminating cell search = 0.120 R(int) maximum for space group determination = 0.300 Minimum number of data in group for syst. absence test = 5 Maximum mean I/sigma(I) for systematic absences = 10.000 Minimum I/sigma gap between absences and rest = 5.000 |
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xiaopengs
xi2004
至尊木虫 (职业作家)
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lichun1210: 金币+5, 辛苦~ 2012-03-20 13:02:26
lichun1210: 金币+5, 辛苦~ 2012-03-20 13:02:26
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实例8 问: 我在小木虫里的ID是zixy，最近在写一篇小文章时，发现以前解析过的一个一维的配位聚合物，没有氢键，应该是加氢引起的，但试了几次不知道怎么处理，主体结构都已解好，没有A类错误，数据请见附件！ 答： 见附件。 纠正错误若干 1. 游离乙醇的 OH, CH3 搞反了。 这里其实有两点已经提示你， a.你原来的投成OH的原子不形成氢键，b. O的Ueq偏大，而CH3的C的Ueq偏小。 2. 游离的乙醇离主题分子太远。 这时应用arad 0.2 2 和sgen 来移动到与主体的乙醇形成氢键不用操作码的位置 3. 分子重心不在 单胞内。 4. 原子排序了 5. 加了 omit -2 54, 这样完整度够了 6. 氢键产生了。 具体可看我以前的贴。 还有一些alert b, c, 比如乙醇的sp3 c-c太短， 没有加以解决。 这涉及到给乙醇做统计分布的问题。如果审稿人不要求，不做也是可以的。 |
26楼2012-03-20 11:12:01
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3楼2012-02-25 17:31:21
p452_1
至尊木虫 (知名作家)
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5楼2012-02-25 19:07:33
6楼2012-02-25 21:22:34