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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

[交流] 虫友结构解析修正问题解答实例 已有47人参与

不断有虫友送结构给我看,或问些问题,其中很多是重复的。 我想,还是慢慢整理在一起,放在这里, 供初学者参考。

问题1.  虫友 abcd007140 2012-2-24  问:
解晶体时 运行xprep时 出现了一段红色的提示
no acceptable space group---change tolerances or unset chiral flag or possibly change input lattice type ,then recheck cell using H-option
不知什么意思 如何处理

答:
   你的这个问题,是由于该完全消光的点没有消光,导致程序不能自动判断出空间群。具体原因可能是晶体不够好,或衍射太强等。
   具体到这个结构,实际上,在xprep时,可以看到 h00, 0k0, ool的点明显比其他点弱,是可以看作消光掉了。 所以结构的空间群是P2(1)2(1)2(1). 这个我能自己判断出来。
   你可能还不够熟悉, 不能自己判断, 那么就要改变那个tolerances ,这个怎么做呢?
   在 xprep中,有一步是有那个 [T]选项, 你把其中那个消光判据的sigma值改为 10, 那么程序就能自动为你给出程序了,见我给你的.prp文件。
   在.prp中,可见如下,其中倒数第二行,我是做了改变的:

TOLERANCES CHANGED

Maximum deviation (deg.) in higher symmetry cell search =  1.000
Threshold (deg.) for terminating search =  0.050
R(int) maximum for terminating cell search =  0.120
R(int) maximum for space group determination =  0.300
Minimum number of data in group for syst. absence test =   5
Maximum mean I/sigma(I) for systematic absences = 10.000
Minimum I/sigma gap between absences and rest =  5.000
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xi2004-emuch@163.com
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送鲜花一朵
2楼2012-02-25 16:23:45
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3楼2012-02-25 17:31:21
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ylt

木虫 (著名写手)

送鲜花一朵
xi 老师真好。
学无止境
4楼2012-02-25 18:12:41
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p452_1

至尊木虫 (知名作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
送鲜花一朵
drg1984: 鼓励发帖交流科研上的困惑、困难! 2012-02-25 23:53:27
我以前也碰到过类似问题,衍射数据很好,就是找不到合适的空间群,需要改变TOLERANCE。向专家学习!
老歪博
5楼2012-02-25 19:07:33
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红叶天雨星

金虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
送鲜花一朵
drg1984: 鼓励发帖交流! 2012-02-25 23:53:38
专家,别人帮我测了几个数据,测试员解不出来,不知道是数据问题还是不能解,如果方便,想请您帮我看看,谢谢
6楼2012-02-25 21:22:34
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abcd007140

铁杆木虫 (著名写手)

送鲜花一朵
7楼2012-02-25 21:27:51
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abcd007140

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫首席软件技术总监


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
非常感谢您的热心
听从内心
8楼2012-02-25 21:29:26
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brilliant

捐助贵宾 (职业作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
送鲜花一朵
顶顶,谢谢xi2004老师
9楼2012-02-26 07:55:22
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sunjing120

铁杆木虫 (小有名气)

老太太


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
送鲜花一朵
谢谢!十分感谢你的热心和帮助!
sunjing
10楼2012-02-26 08:28:13
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