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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

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专业: 结构化学

[交流] 虫友结构解析修正问题解答实例已有47人参与

不断有虫友送结构给我看，或问些问题，其中很多是重复的。我想，还是慢慢整理在一起，放在这里，供初学者参考。

问题1.  虫友 abcd007140 2012-2-24  问:
解晶体时运行xprep时出现了一段红色的提示
no acceptable space group---change tolerances or unset chiral flag or possibly change input lattice type ,then recheck cell using H-option
不知什么意思如何处理

答：
你的这个问题，是由于该完全消光的点没有消光，导致程序不能自动判断出空间群。具体原因可能是晶体不够好，或衍射太强等。
具体到这个结构，实际上，在xprep时，可以看到 h00, 0k0, ool的点明显比其他点弱，是可以看作消光掉了。所以结构的空间群是P2(1)2(1)2(1). 这个我能自己判断出来。
你可能还不够熟悉，不能自己判断，那么就要改变那个tolerances ，这个怎么做呢？
在 xprep中，有一步是有那个 [T]选项，你把其中那个消光判据的sigma值改为 10，那么程序就能自动为你给出程序了，见我给你的.prp文件。
在.prp中，可见如下，其中倒数第二行，我是做了改变的：

TOLERANCES CHANGED

Maximum deviation (deg.) in higher symmetry cell search =  1.000
Threshold (deg.) for terminating search =  0.050
R(int) maximum for terminating cell search =  0.120
R(int) maximum for space group determination =  0.300
Minimum number of data in group for syst. absence test = 5
Maximum mean I/sigma(I) for systematic absences = 10.000
Minimum I/sigma gap between absences and rest =  5.000

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