| 查看: 8744 | 回复: 12 | ||||
candery金虫 (小有名气)
|
[交流]
分子对接及打分函数 已有9人参与
|
|||
| 我想请教各位前辈，目前主流的比较权威的，公认的，用的人较多的分子对接程序和打分函数都有哪些呢？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 sybyl |
» 猜你喜欢
材料与化工考研调剂
已经有13人回复
-
一志愿211院校 344分 东北农业大学生物学学硕，求调剂
已经有5人回复
-
一志愿北京化工大学材料与化工 264分各科过A区国家线
已经有7人回复
-
275求调剂
已经有12人回复
-
材料与化工085600，总分304，本科有两篇sci参与，求调剂
已经有7人回复
-
0856材料化工调剂 总分330
已经有4人回复
-
308求调剂
已经有6人回复
-
一志愿陕师大生物学071000，298分，求调剂
已经有5人回复
-
0856材料专硕353求调剂
已经有8人回复
-
南昌大学材料专硕311分求调剂
已经有9人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 分子对接打多少分有实际意义
已经有4人回复
- surflex-dock对接问题
已经有3人回复
- 用AutoDock对接的结合能较小，可能是什么原因？
已经有7人回复
- 【求助】分子对接请教
已经有7人回复
- 【求助】计算机辅助药物设计
已经有9人回复
- 【讨论】各种分子对接软件的速度和精度比较
已经有15人回复
- 【求助】能够计算结合自由能的分子对接软件除了autodock还有哪些？
已经有7人回复
caixin5120 
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 46 (小学生)
- 金币: 5.9
- 散金: 100
- 红花: 3
- 帖子: 483
- 在线: 158.3小时
- 虫号: 576460
- 注册: 2008-06-20
- 专业: 药物化学
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
|
对接软件其实是由两部分组成。 一部分是做分子构象搜寻的，一部分则是打分函数。 对接软件通常被集合在如Sybyl DS MOE Shrodinger这样的模拟平台软件中，作为一个计算模块。 Sybyl 中的有Surflex-Dock对接模块（所有版本），FlexX对接模块（8.0及以前的版本有）。 DS 中的ZDOCK对接模块 MOE 的对接模块 Shrodinger 的Glide对接模块 它们有各自的打分函数，都是常用的，也支持用户自定义打分函数。 这些模块大部分对于学术用户可以申请到免费版本，但不是集成在这些平台上的，而是独立的版本。 此外还有相对独立的对接软件，如DOCK（免费），Autodock（免费），HEX（免费），MVD，GOLD等。 打分函数就多了，如surflex-Dock里面就有6种打分函数，Cscore（一致性打分函数）算是它的特色；Autodock则是使用Binding Energy打分函数；GOLD则采用GOLD score，Chemscore，支持自定义函数，最新版4和5还有ASP，CHEMPLP打分函数。 软件的应用就像武术一样。 呵呵 这个就像李连杰《霍元甲》里面说的。 霍元甲：我以为，世上的武术确实没有高低之分，只有习武的人才有强弱之别，通过竞技我们可以发现和认识一个真正的自己，因为我们真正的对手，可能就是我们自己。 |
11楼2012-02-22 10:33:27
 |
2楼2012-02-06 15:29:39
3楼2012-02-06 16:37:19
candery
金虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 1103.4
- 散金: 108
- 帖子: 156
- 在线: 83.8小时
- 虫号: 1565371
- 注册: 2012-01-05
- 性别: GG
- 专业: 纳米生物学
4楼2012-02-07 08:49:31
jinzheln
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 28392.1
- 散金: 42
- 红花: 1
- 帖子: 3758
- 在线: 154.5小时
- 虫号: 622436
- 注册: 2008-10-10
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
5楼2012-02-08 00:48:34
tjegg
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 6869.3
- 红花: 16
- 帖子: 2615
- 在线: 448小时
- 虫号: 338983
- 注册: 2007-04-05
- 性别: GG
- 专业: 抗肿瘤药物药理
6楼2012-02-08 07:40:45
candery
金虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 1103.4
- 散金: 108
- 帖子: 156
- 在线: 83.8小时
- 虫号: 1565371
- 注册: 2012-01-05
- 性别: GG
- 专业: 纳米生物学
7楼2012-02-08 17:39:26
8楼2012-02-09 17:02:43
fly00133
铁虫 (初入文坛)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 49.8
- 帖子: 14
- 在线: 4.3小时
- 虫号: 742941
- 注册: 2009-04-08
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
9楼2012-02-14 12:26:07
cuitianzeng
金虫 (小有名气)
- 应助: 30 (小学生)
- 金币: 193.8
- 散金: 927
- 红花: 3
- 帖子: 225
- 在线: 350.3小时
- 虫号: 1624600
- 注册: 2012-02-18
- 专业: 天然药物化学
10楼2012-02-20 22:21:37
20