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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子对接及打分函数
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candery

金虫 (小有名气)

[交流] 分子对接及打分函数 已有9人参与

我想请教各位前辈，目前主流的比较权威的，公认的，用的人较多的分子对接程序和打分函数都有哪些呢？
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sybyl

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1楼 2012-02-06 11:22:42
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

caixin5120

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
对接软件其实是由两部分组成。
一部分是做分子构象搜寻的，一部分则是打分函数。

对接软件通常被集合在如Sybyl DS MOE Shrodinger这样的模拟平台软件中，作为一个计算模块。
Sybyl 中的有Surflex-Dock对接模块（所有版本），FlexX对接模块（8.0及以前的版本有）。
DS 中的ZDOCK对接模块
MOE  的对接模块
Shrodinger 的Glide对接模块
它们有各自的打分函数，都是常用的，也支持用户自定义打分函数。

这些模块大部分对于学术用户可以申请到免费版本，但不是集成在这些平台上的，而是独立的版本。

此外还有相对独立的对接软件，如DOCK（免费），Autodock（免费），HEX（免费），MVD，GOLD等。

打分函数就多了，如surflex-Dock里面就有6种打分函数，Cscore（一致性打分函数）算是它的特色；Autodock则是使用Binding Energy打分函数；GOLD则采用GOLD score，Chemscore，支持自定义函数，最新版4和5还有ASP，CHEMPLP打分函数。

软件的应用就像武术一样。
呵呵 这个就像李连杰《霍元甲》里面说的。
霍元甲：我以为，世上的武术确实没有高低之分，只有习武的人才有强弱之别，通过竞技我们可以发现和认识一个真正的自己，因为我们真正的对手，可能就是我们自己。
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11楼2012-02-22 10:33:27
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普通回帖

1994yw
2楼2012-02-06 15:29:39
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凹叶景天

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★ ★
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御剑江湖(金币+2): 谢谢 2012-02-06 20:42:39
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-09 07:55:35
不知道哪些算权威，但是我用过的是autodock、gold、DS……
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3楼2012-02-06 16:37:19
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candery

金虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by 凹叶景天 at 2012-02-06 16:37:19:
不知道哪些算权威，但是我用过的是autodock、gold、DS……

谢谢
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4楼2012-02-07 08:49:31
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jinzheln

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★
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zh1987hs(金币+1): 谢谢 2012-02-08 18:56:53
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-09 07:55:43
还有ICM和MVD也不错。
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5楼2012-02-08 00:48:34
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2012-02-08 18:57:01
Kurz的DOCK
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
6楼2012-02-08 07:40:45
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candery

金虫 (小有名气)
谢谢！
但不知哪些打分函数比较主流呢？SYBYL中给出的几个是不是都很常用的？
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7楼2012-02-08 17:39:26
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jumper158

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2012-02-17 21:51:29
shrodinger suits of glide used for docking is very popular
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游走于牛A与牛C之间，谁的青春不苦憋
8楼2012-02-09 17:02:43
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fly00133

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2012-02-17 21:52:49
sybyl Surflex-Dock当中的几个打分函数都是非常主流的打分函数
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DrugDesign
9楼2012-02-14 12:26:07
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cuitianzeng

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-21 09:03:35
DS and Sybyl and MOE
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10楼2012-02-20 22:21:37
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