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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子对接及打分函数
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caixin5120

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
对接软件其实是由两部分组成。
一部分是做分子构象搜寻的，一部分则是打分函数。

对接软件通常被集合在如Sybyl DS MOE Shrodinger这样的模拟平台软件中，作为一个计算模块。
Sybyl 中的有Surflex-Dock对接模块（所有版本），FlexX对接模块（8.0及以前的版本有）。
DS 中的ZDOCK对接模块
MOE  的对接模块
Shrodinger 的Glide对接模块
它们有各自的打分函数，都是常用的，也支持用户自定义打分函数。

这些模块大部分对于学术用户可以申请到免费版本，但不是集成在这些平台上的，而是独立的版本。

此外还有相对独立的对接软件，如DOCK（免费），Autodock（免费），HEX（免费），MVD，GOLD等。

打分函数就多了，如surflex-Dock里面就有6种打分函数，Cscore（一致性打分函数）算是它的特色；Autodock则是使用Binding Energy打分函数；GOLD则采用GOLD score，Chemscore，支持自定义函数，最新版4和5还有ASP，CHEMPLP打分函数。

软件的应用就像武术一样。
呵呵 这个就像李连杰《霍元甲》里面说的。
霍元甲：我以为，世上的武术确实没有高低之分，只有习武的人才有强弱之别，通过竞技我们可以发现和认识一个真正的自己，因为我们真正的对手，可能就是我们自己。
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11楼2012-02-22 10:33:27
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candery

金虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by caixin5120 at 2012-02-22 10:33:27:
对接软件其实是由两部分组成。
一部分是做分子构象搜寻的，一部分则是打分函数。

对接软件通常被集合在如Sybyl DS MOE Shrodinger这样的模拟平台软件中，作为一个计算模块。
Sybyl 中的有Surflex-Dock对接模 ...

感谢回复！
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12楼2012-02-28 15:17:10
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tinasheen

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
我也是用sybyl里面自带的打分函数的
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13楼2012-03-06 09:20:12
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