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caixin5120

木虫 (正式写手)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
对接软件其实是由两部分组成。
一部分是做分子构象搜寻的,一部分则是打分函数。

对接软件通常被集合在如Sybyl DS MOE Shrodinger这样的模拟平台软件中,作为一个计算模块。
Sybyl 中的有Surflex-Dock对接模块(所有版本),FlexX对接模块(8.0及以前的版本有)。
DS 中的ZDOCK对接模块
MOE  的对接模块
Shrodinger 的Glide对接模块
它们有各自的打分函数,都是常用的,也支持用户自定义打分函数。

这些模块大部分对于学术用户可以申请到免费版本,但不是集成在这些平台上的,而是独立的版本。

此外还有相对独立的对接软件,如DOCK(免费),Autodock(免费),HEX(免费),MVD,GOLD等。

打分函数就多了,如surflex-Dock里面就有6种打分函数,Cscore(一致性打分函数)算是它的特色;Autodock则是使用Binding Energy打分函数;GOLD则采用GOLD score,Chemscore,支持自定义函数,最新版4和5还有ASP,CHEMPLP打分函数。

软件的应用就像武术一样。
呵呵 这个就像李连杰《霍元甲》里面说的。
霍元甲:我以为,世上的武术确实没有高低之分,只有习武的人才有强弱之别,通过竞技我们可以发现和认识一个真正的自己,因为我们真正的对手,可能就是我们自己。
11楼2012-02-22 10:33:27
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candery

金虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by caixin5120 at 2012-02-22 10:33:27:
对接软件其实是由两部分组成。
一部分是做分子构象搜寻的,一部分则是打分函数。

对接软件通常被集合在如Sybyl DS MOE Shrodinger这样的模拟平台软件中,作为一个计算模块。
Sybyl 中的有Surflex-Dock对接模 ...

感谢回复!
12楼2012-02-28 15:17:10
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tinasheen

铜虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
我也是用sybyl里面自带的打分函数的
13楼2012-03-06 09:20:12
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