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candery金虫 (小有名气)
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分子对接及打分函数 已有9人参与
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| 我想请教各位前辈，目前主流的比较权威的，公认的，用的人较多的分子对接程序和打分函数都有哪些呢？ |
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caixin5120 
木虫 (正式写手)
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对接软件其实是由两部分组成。 一部分是做分子构象搜寻的，一部分则是打分函数。 对接软件通常被集合在如Sybyl DS MOE Shrodinger这样的模拟平台软件中，作为一个计算模块。 Sybyl 中的有Surflex-Dock对接模块（所有版本），FlexX对接模块（8.0及以前的版本有）。 DS 中的ZDOCK对接模块 MOE 的对接模块 Shrodinger 的Glide对接模块 它们有各自的打分函数，都是常用的，也支持用户自定义打分函数。 这些模块大部分对于学术用户可以申请到免费版本，但不是集成在这些平台上的，而是独立的版本。 此外还有相对独立的对接软件，如DOCK（免费），Autodock（免费），HEX（免费），MVD，GOLD等。 打分函数就多了，如surflex-Dock里面就有6种打分函数，Cscore（一致性打分函数）算是它的特色；Autodock则是使用Binding Energy打分函数；GOLD则采用GOLD score，Chemscore，支持自定义函数，最新版4和5还有ASP，CHEMPLP打分函数。 软件的应用就像武术一样。 呵呵 这个就像李连杰《霍元甲》里面说的。 霍元甲：我以为，世上的武术确实没有高低之分，只有习武的人才有强弱之别，通过竞技我们可以发现和认识一个真正的自己，因为我们真正的对手，可能就是我们自己。 |
11楼2012-02-22 10:33:27
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candery
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jinzheln
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5楼2012-02-08 00:48:34
