应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs中，mdrun出错
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
61/1返回列表
查看: 1534  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xinji

主管区长

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

[求助] Gromacs中，mdrun出错

在进行mdrun时，出现如下错误，请问是何原因？

Back Off! I just backed up but_boh_wat_423_100_pr.trr to ./#but_boh_wat_423_100_pr.trr.14#

Back Off! I just backed up pr_but_boh_wat.edr to ./#pr_but_boh_wat.edr.14#
starting mdrun 'Giant Rising Ordinary Mutants for A Clerical Setup'
30000 steps,     30.0 ps.
step 0
Segmentation fault
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子动力学 gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
心若在，梦就在！
1楼 2012-01-09 21:32:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

新虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm(金币+5): 谢谢~ 2012-01-10 10:29:08
Segmentation fault的常见原因是体系构建不合理，先多跑跑energy minimization

如果使用steep 方法进行能量最小化之后，还是出现这样的问题，
需要接着使用CG方法继续能量最小化

然后再进行后续的模拟

还有一种解决办法是，在此步使用grompp 的时候，把上一步得到的能量文件(edr) 引入，这样就可使能量有连续性。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-01-09 22:03:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xinji

实习版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-01-09 22:03:36:
Segmentation fault的常见原因是体系构建不合理，先多跑跑energy minimization

如果使用steep 方法进行能量最小化之后，还是出现这样的问题，
需要接着使用CG方法继续能量最小化

然后再进行后续的模拟

...

请问：你说使用grompp 的时候，把上一步得到的能量文件(edr) 引入，我是个新手，请问怎么引入上一步得到的能量文件(edr)呢？
赞一下 回复此楼
心若在，梦就在！
3楼2012-01-09 23:24:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bluewhale

主管区长

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2012-01-11 19:50:47
到网上找一个tutorial先操练一下，将manual读一遍。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-01-09 23:58:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

无虫
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2012-01-11 19:50:59
引用回帖:
3楼: Originally posted by xinji at 2012-01-09 23:24:47:
请问：你说使用grompp 的时候，把上一步得到的能量文件(edr) 引入，我是个新手，请问怎么引入上一步得到的能量文件(edr)呢？

http://manual.gromacs.org/online/grompp.html
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2012-01-10 08:00:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

青青白白123

管理员

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
你好 请问你的问题解决了吗？
赞一下 回复此楼
6楼2018-03-22 08:57:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xinji 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 环境工程297分求调剂一志愿杭高院 +10 GENJIOW 2026-03-31 10/500 2026-04-01 01:30 by 1018329917
[考研] 0856材料与化工调剂，339 +9 10213207 2026-03-31 9/450 2026-04-01 00:49 by fmesaito
[考研] 一志愿南师大0703化学 275求调剂 +5 Ripcord上岸 2026-03-27 5/250 2026-03-31 19:52 by mg1014
[考研] 070300化学354求调剂 +15 101次希望 2026-03-28 15/750 2026-03-31 17:58 by jp9609
[考研] 329求调剂，一志愿西北工业大学，材料工程（085601） +6 小小机灵虫 2026-03-29 12/600 2026-03-31 16:58 by 记事本2026
[考研] 362求调剂 +9 西南交材料专硕3 2026-03-31 9/450 2026-03-31 16:25 by w虫虫123
[基金申请] 面上5B能上会吗？ +8 redcom 2026-03-29 8/400 2026-03-31 15:53 by niuailing
[考研] 学硕274求调剂 +17 Li李鱼 2026-03-26 17/850 2026-03-31 15:19 by 客尔美德
[考研] 南京大学化学调剂 +11 景随风 2026-03-29 16/800 2026-03-31 10:14 by herarysara
[考研] 一志愿大连理工大学材料求调剂 +6 Gymno 2026-03-30 6/300 2026-03-31 07:26 by 无际的草原
[考研] 285求调剂 +6 AZMK 2026-03-29 9/450 2026-03-30 21:02 by dophin1985
[考研] 304材料求调剂 +5 钟llll 2026-03-26 5/250 2026-03-30 19:37 by 源_2020
[考研] 0703化学求调剂 +6 丹青奶盖 2026-03-26 8/400 2026-03-30 18:33 by 探123
[考研] 292求调剂 +13 是妍子也是研子 2026-03-30 13/650 2026-03-30 18:01 by 小徐0109
[考研] 材料专硕 085600求调剂 +7 BBQ233 2026-03-30 7/350 2026-03-30 17:44 by oooqiao
[考研] 086000生物与医药调剂 +5 Feisty。 2026-03-28 9/450 2026-03-29 12:02 by longlotian
[考研] 340求调剂 +5 jhx777 2026-03-27 5/250 2026-03-28 04:18 by fmesaito
[考研] 一志愿 南京邮电大学 288分 材料考研 求调剂 +3 jl0720 2026-03-26 3/150 2026-03-26 13:39 by zzll406
[考研] 296求调剂 +4 汪！？！ 2026-03-25 7/350 2026-03-25 16:41 by 汪！？！
[考研] 【2026考研调剂】制药工程 284分 求相关专业调剂名额 +4 袁奂奂 2026-03-25 8/400 2026-03-25 14:32 by lbsjt
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭