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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs中，mdrun出错
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xinji

铜虫 (小有名气)

[求助] Gromacs中，mdrun出错

在进行mdrun时，出现如下错误，请问是何原因？

Back Off! I just backed up but_boh_wat_423_100_pr.trr to ./#but_boh_wat_423_100_pr.trr.14#

Back Off! I just backed up pr_but_boh_wat.edr to ./#pr_but_boh_wat.edr.14#
starting mdrun 'Giant Rising Ordinary Mutants for A Clerical Setup'
30000 steps,     30.0 ps.
step 0
Segmentation fault
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心若在，梦就在！
1楼 2012-01-09 21:32:38
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xinji

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-01-09 22:03:36:
Segmentation fault的常见原因是体系构建不合理，先多跑跑energy minimization

如果使用steep 方法进行能量最小化之后，还是出现这样的问题，
需要接着使用CG方法继续能量最小化

然后再进行后续的模拟

...

请问：你说使用grompp 的时候，把上一步得到的能量文件(edr) 引入，我是个新手，请问怎么引入上一步得到的能量文件(edr)呢？
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心若在，梦就在！
3楼2012-01-09 23:24:47
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm(金币+5): 谢谢~ 2012-01-10 10:29:08
Segmentation fault的常见原因是体系构建不合理，先多跑跑energy minimization

如果使用steep 方法进行能量最小化之后，还是出现这样的问题，
需要接着使用CG方法继续能量最小化

然后再进行后续的模拟

还有一种解决办法是，在此步使用grompp 的时候，把上一步得到的能量文件(edr) 引入，这样就可使能量有连续性。
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2楼2012-01-09 22:03:36
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bluewhale

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2012-01-11 19:50:47
到网上找一个tutorial先操练一下，将manual读一遍。
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4楼2012-01-09 23:58:38
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2012-01-11 19:50:59
引用回帖:
3楼: Originally posted by xinji at 2012-01-09 23:24:47:
请问：你说使用grompp 的时候，把上一步得到的能量文件(edr) 引入，我是个新手，请问怎么引入上一步得到的能量文件(edr)呢？

http://manual.gromacs.org/online/grompp.html
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5楼2012-01-10 08:00:36
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