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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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xinji

兑换贵宾

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

[求助] Gromacs中,mdrun出错

在进行mdrun时,出现如下错误,请问是何原因?

Back Off! I just backed up but_boh_wat_423_100_pr.trr to ./#but_boh_wat_423_100_pr.trr.14#

Back Off! I just backed up pr_but_boh_wat.edr to ./#pr_but_boh_wat.edr.14#
starting mdrun 'Giant Rising Ordinary Mutants for A Clerical Setup'
30000 steps,     30.0 ps.
step 0
Segmentation fault
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心若在,梦就在!
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jiaoyixiong

禁虫

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2012-01-11 19:50:59
引用回帖:
3楼: Originally posted by xinji at 2012-01-09 23:24:47:
请问:你说使用grompp 的时候,把上一步得到的能量文件(edr) 引入,我是个新手,请问怎么引入上一步得到的能量文件(edr)呢?

http://manual.gromacs.org/online/grompp.html
5楼2012-01-10 08:00:36
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查看全部 6 个回答

jiaoyixiong

禁虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm(金币+5): 谢谢~ 2012-01-10 10:29:08
Segmentation fault的常见原因是体系构建不合理,先多跑跑energy minimization

如果使用steep 方法进行能量最小化之后,还是出现这样的问题,
需要接着使用CG方法继续能量最小化

然后再进行后续的模拟

还有一种解决办法是,在此步使用grompp 的时候,把上一步得到的能量文件(edr) 引入,这样就可使能量有连续性。
2楼2012-01-09 22:03:36
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xinji

主管区长

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-01-09 22:03:36:
Segmentation fault的常见原因是体系构建不合理,先多跑跑energy minimization

如果使用steep 方法进行能量最小化之后,还是出现这样的问题,
需要接着使用CG方法继续能量最小化

然后再进行后续的模拟

...

请问:你说使用grompp 的时候,把上一步得到的能量文件(edr) 引入,我是个新手,请问怎么引入上一步得到的能量文件(edr)呢?
心若在,梦就在!
3楼2012-01-09 23:24:47
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bluewhale

专家顾问

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2012-01-11 19:50:47
到网上找一个tutorial先操练一下,将manual读一遍。
4楼2012-01-09 23:58:38
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