应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs中，mdrun出错
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 1537  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

xinji

主管区长

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

[求助] Gromacs中，mdrun出错

在进行mdrun时，出现如下错误，请问是何原因？

Back Off! I just backed up but_boh_wat_423_100_pr.trr to ./#but_boh_wat_423_100_pr.trr.14#

Back Off! I just backed up pr_but_boh_wat.edr to ./#pr_but_boh_wat.edr.14#
starting mdrun 'Giant Rising Ordinary Mutants for A Clerical Setup'
30000 steps,     30.0 ps.
step 0
Segmentation fault
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子动力学 gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
心若在，梦就在！
1楼 2012-01-09 21:32:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

青青白白123

主管区长

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
你好 请问你的问题解决了吗？
赞一下 回复此楼
6楼2018-03-22 08:57:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

jiaoyixiong

无虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm(金币+5): 谢谢~ 2012-01-10 10:29:08
Segmentation fault的常见原因是体系构建不合理，先多跑跑energy minimization

如果使用steep 方法进行能量最小化之后，还是出现这样的问题，
需要接着使用CG方法继续能量最小化

然后再进行后续的模拟

还有一种解决办法是，在此步使用grompp 的时候，把上一步得到的能量文件(edr) 引入，这样就可使能量有连续性。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-01-09 22:03:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xinji

专家顾问

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-01-09 22:03:36:
Segmentation fault的常见原因是体系构建不合理，先多跑跑energy minimization

如果使用steep 方法进行能量最小化之后，还是出现这样的问题，
需要接着使用CG方法继续能量最小化

然后再进行后续的模拟

...

请问：你说使用grompp 的时候，把上一步得到的能量文件(edr) 引入，我是个新手，请问怎么引入上一步得到的能量文件(edr)呢？
赞一下 回复此楼
心若在，梦就在！
3楼2012-01-09 23:24:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bluewhale

超级版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2012-01-11 19:50:47
到网上找一个tutorial先操练一下，将manual读一遍。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-01-09 23:58:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂，一志愿北林食品与营养095500，301分，已过六级，有科研经历 +3 快乐储蓄罐 2026-03-31 3/150 2026-03-31 20:20 by plum
[考研] 材料调剂 +9 Eujd1 2026-03-31 10/500 2026-03-31 18:41 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +8 素年祭语 2026-03-31 11/550 2026-03-31 18:20 by 无际的草原
[考研] 求调剂 生物学 377分 +6 zzll03 2026-03-31 6/300 2026-03-31 17:33 by 唐沐儿
[考研] 物理学调剂 +4 小羊36 2026-03-30 4/200 2026-03-31 16:16 by lishahe
[考研] 343求调剂 +8 爱羁绊 2026-03-28 8/400 2026-03-31 16:12 by 不吃魚的貓
[考研] 生物学 296 求调剂 +7 朵朵- 2026-03-26 9/450 2026-03-31 14:26 by jp9609
[考研] 085600 295分求调剂 +13 W55j 2026-03-30 15/750 2026-03-31 13:29 by 王亮_大连医科大
[考研] 一志愿大连理工大学，机械工程学硕，341 +3 西瓜田的守望者 2026-03-30 3/150 2026-03-31 11:08 by asdfzly
[考研] 085600材料与化工329分求调剂 +5 这是有太阳哇 2026-03-25 5/250 2026-03-31 09:59 by luoyongfeng
[考研] 食品工程专硕一志愿中海洋309求调剂 +5 小张zxy张 2026-03-26 10/500 2026-03-31 00:29 by jp9609
[考研] 292求调剂 +13 是妍子也是研子 2026-03-30 13/650 2026-03-30 18:01 by 小徐0109
[考研] 310求调剂 +10 争取九点睡 2026-03-30 10/500 2026-03-30 16:45 by ztnimte
[考研] 求调剂，一志愿 南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕 +6 @taotao 2026-03-26 7/350 2026-03-30 10:43 by 我是小康
[考研] 291求调剂 +5 Y-cap 2026-03-29 6/300 2026-03-29 13:18 by mumin1990
[考研] 071000生物学求调剂，初试成绩343 +7 小小甜面团 2026-03-25 7/350 2026-03-28 20:25 by 唐沐儿
[考研] 330一志愿中国海洋大学 化学工程 085602 有读博意愿 求调剂 +3 wywy.. 2026-03-27 4/200 2026-03-28 03:32 by fmesaito
[考研] 一志愿上海理工能源动力（085800）310分求调剂 +3 zhangmingc 2026-03-27 4/200 2026-03-27 19:01 by 给你你注意休息
[考研] 求调剂 +4 零八# 2026-03-27 4/200 2026-03-27 18:07 by yu221
[考研] 347求调剂 +4 L when 2026-03-25 4/200 2026-03-25 13:37 by cocolv
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭