24小时热门版块排行榜    

查看: 5552  |  回复: 8

colinmacrean

新虫 (初入文坛)

[交流] 怎样用高斯优化含有两个分子的反应物? 已有7人参与

例如我要做A+B生成C的反应,在寻找A+B和C之间的过渡态的时候需要首先对A+B进行结构优化。
我的操作步骤是:将A和B一起放到GV里,然后优化结构。
但是每次优化完之后两个分子就以某种形式连接在一起了。甚至已经生成C了。
我不知道应该怎么优化这种含有两个分子的反应物?

刚开始接触高斯,不知道是否说清楚了,希望大家帮帮忙,谢谢!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chuanan027

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
双分子的优化是有些难度的,你按进攻方向调两个分子构型,拉开一定距离,如果优化到一起就再拉远些。一般来说,能优化好的双分子会在微妙的弱作用力下存在。
Timeandtidewaitfornoman.Comeon,baby!
2楼2011-12-16 23:12:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xm-xi

银虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
你可以通过固定键长度,来优化调节距离很快就能得到初步的过渡态结构,再通过IRC完成

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2011-12-18 14:35:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

colinmacrean

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
: Originally posted by xm-xi at 2011-12-18 14:35:31:
你可以通过固定键长度,来优化调节距离很快就能得到初步的过渡态结构,再通过IRC完成

能否再稍微详细点呢?是固定所有键的长度么?仅调节两个分子之间的距离?

[ Last edited by colinmacrean on 2011-12-19 at 15:05 ]
4楼2011-12-19 14:54:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyoucheng

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你好,请问你在高斯里对反应物的A和B分子怎么优化的,A和B放在同一个文档里是吗? A和B分子之间的距离你是怎么确定的。是随便放的还是怎么的。我遇到这样的问题特向你请教。
5楼2012-03-16 13:56:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wanggy789

禁虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
送鲜花一朵
本帖内容被屏蔽

6楼2013-04-01 22:01:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shengxiang

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
是不是直接分开优化就行,因为有些复合物一到一起就反应了,类似于那种两种溶液一混合立马剧烈反应一样~
7楼2013-04-01 23:46:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zl541165446

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
请问下,在不知道结合位点的情况下,怎么样通过高斯去分析金属离子和碱基可能的结合位点呢?  刚刚入门不太懂。请求大神指点
8楼2016-03-21 14:04:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Mr_ANZ

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by zl541165446 at 2016-03-21 14:04:24
请问下,在不知道结合位点的情况下,怎么样通过高斯去分析金属离子和碱基可能的结合位点呢?  刚刚入门不太懂。请求大神指点

楼主解决了吗
9楼2022-03-24 11:11:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 colinmacrean 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 3/150 2026-08-30 02:29 by ZPa0EcMwuECS
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 3/150 2026-08-30 02:18 by ZPa0EcMwuECS
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-30 02:09 by ZPa0EcMwuECS
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 3/150 2026-08-30 01:58 by ZPa0EcMwuECS
[考博] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-30 01:58 by ZPa0EcMwuECS
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 01:25 by ZPa0EcMwuECS
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-30 01:03 by ZPa0EcMwuECS
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 01:03 by ZPa0EcMwuECS
[基金申请] 国社科申报系统有变化 +3 kynobel 2026-08-23 3/150 2026-08-29 21:57 by 余韵清
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +9 苏东坡二世 2026-08-23 9/450 2026-08-29 14:41 by hustersqt
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +5 gdd2018 2026-08-28 10/500 2026-08-29 14:10 by Jacob678
[教师之家] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-29 09:26 by G6APbkg8SA6w
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
信息提示
请填处理意见