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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】小分子跑动力学之前需不需要用高斯优化？
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fishred521

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】小分子跑动力学之前需不需要用高斯优化？ 已有7人参与

要做一个环糊精相关的东西，环糊精大概100多个原子。有个朋友说用chemdraw自己画出它的结构，然后在高斯中优化，最后再去跑动力学。想请教各位，需要这样吗？还是去哪个网站能直接下到这种分子的结构？？ 谢谢！
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1楼 2011-04-01 19:53:55
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061302102

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-02 11:58:38
小分子在跑动力学之前肯定要进行优化的，自己画的只是草图 结构和原子参数都是很不稳定的 呵呵 我也只是刚开始学 仅供参考
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2楼2011-04-02 11:27:18
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)

天池冶海

优秀版主
★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:43:25
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:43:35
肯定要进行优化的。环糊精的晶体结构是可以下到的，在CCDC里或某些蛋白的PDB文件里都有。
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莫问前尘事，只怜今世缘，承临纵横风，御剑凡尘路，蹉跎浮华，嬉笑洒脱。
3楼2011-04-02 18:56:15
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:43:32
CD  100多个原子啊。
呵呵！怎么拿量化模拟啊？
　　
CD是有晶体结构的。你拿晶体结构直接模拟就行了。
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
4楼2011-04-02 18:59:24
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29050801

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主好来如何处理的呢
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个人主页http://cnrdn.com/pXg5
5楼2013-12-28 10:22:53
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zlf9452006

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
优化是有必要的，但完全没必要用量化。找个图形界面的分子力学程序优化下就可以了，或者你用的md程序肯定也有优化功能。优化的目的是让md可以跑下去，md目的是采样，优化再好也没多大用。

[ 发自小木虫客户端 ]
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6楼2013-12-28 10:40:37
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virtualzx

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
哇塞，你们管这个叫小分子的么
可以用高斯随便找个半经验方法优化下，不过用你跑动力学的同一个程序更加符合常理啊。
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7楼2013-12-29 16:33:09
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zhouling1019

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by zlf9452006 at 2013-12-28 10:40:37
优化是有必要的，但完全没必要用量化。找个图形界面的分子力学程序优化下就可以了，或者你用的md程序肯定也有优化功能。优化的目的是让md可以跑下去，md目的是采样，优化再好也没多大用。
...

你好，我现在想进行一个小分子金诺芬的动力学模拟，但是找不到金诺芬的参数，您能给点建议吗？谢谢你.
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8楼2016-03-15 09:09:55
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zhouling1019

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 061302102 at 2011-04-02 11:27:18
小分子在跑动力学之前肯定要进行优化的，自己画的只是草图 结构和原子参数都是很不稳定的 呵呵 我也只是刚开始学 仅供参考

你好，我现在想要做一个小分子金诺芬的动力学模拟，但是找不到关于金诺芬的参数，您能给点建议吗？谢谢你。
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9楼2016-03-15 09:11:33
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