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fishred521

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】小分子跑动力学之前需不需要用高斯优化? 已有7人参与

要做一个环糊精相关的东西,环糊精大概100多个原子。有个朋友说用chemdraw自己画出它的结构,然后在高斯中优化,最后再去跑动力学。想请教各位,需要这样吗?还是去哪个网站能直接下到这种分子的结构?? 谢谢!
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)

天池冶海

优秀版主

★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:43:25
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:43:35
肯定要进行优化的。环糊精的晶体结构是可以下到的,在CCDC里或某些蛋白的PDB文件里都有。
莫问前尘事,只怜今世缘,承临纵横风,御剑凡尘路,蹉跎浮华,嬉笑洒脱。
3楼2011-04-02 18:56:15
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061302102

银虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-02 11:58:38
小分子在跑动力学之前肯定要进行优化的,自己画的只是草图 结构和原子参数都是很不稳定的 呵呵 我也只是刚开始学 仅供参考
2楼2011-04-02 11:27:18
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superdirac

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-04 22:43:32
CD  100多个原子啊。
呵呵!怎么拿量化模拟啊?
  
CD是有晶体结构的。你拿晶体结构直接模拟就行了。
我认为,酒一口一口喝,路一步一步走~步子迈大了,喀~容易扯着蛋
4楼2011-04-02 18:59:24
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29050801

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主好来如何处理的呢
个人主页http://cnrdn.com/pXg5
5楼2013-12-28 10:22:53
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