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colinmacrean

新虫 (初入文坛)

[交流] 怎样用高斯优化含有两个分子的反应物? 已有7人参与

例如我要做A+B生成C的反应,在寻找A+B和C之间的过渡态的时候需要首先对A+B进行结构优化。
我的操作步骤是:将A和B一起放到GV里,然后优化结构。
但是每次优化完之后两个分子就以某种形式连接在一起了。甚至已经生成C了。
我不知道应该怎么优化这种含有两个分子的反应物?

刚开始接触高斯,不知道是否说清楚了,希望大家帮帮忙,谢谢!
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zl541165446

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
请问下,在不知道结合位点的情况下,怎么样通过高斯去分析金属离子和碱基可能的结合位点呢?  刚刚入门不太懂。请求大神指点
8楼2016-03-21 14:04:24
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chuanan027

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
双分子的优化是有些难度的,你按进攻方向调两个分子构型,拉开一定距离,如果优化到一起就再拉远些。一般来说,能优化好的双分子会在微妙的弱作用力下存在。
Timeandtidewaitfornoman.Comeon,baby!
2楼2011-12-16 23:12:33
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xm-xi

银虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
你可以通过固定键长度,来优化调节距离很快就能得到初步的过渡态结构,再通过IRC完成

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2011-12-18 14:35:31
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colinmacrean

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
: Originally posted by xm-xi at 2011-12-18 14:35:31:
你可以通过固定键长度,来优化调节距离很快就能得到初步的过渡态结构,再通过IRC完成

能否再稍微详细点呢?是固定所有键的长度么?仅调节两个分子之间的距离?

[ Last edited by colinmacrean on 2011-12-19 at 15:05 ]
4楼2011-12-19 14:54:55
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