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colinmacrean

新虫 (初入文坛)

[交流] 怎样用高斯优化含有两个分子的反应物? 已有7人参与

例如我要做A+B生成C的反应，在寻找A+B和C之间的过渡态的时候需要首先对A+B进行结构优化。
我的操作步骤是：将A和B一起放到GV里，然后优化结构。
但是每次优化完之后两个分子就以某种形式连接在一起了。甚至已经生成C了。
我不知道应该怎么优化这种含有两个分子的反应物？

刚开始接触高斯，不知道是否说清楚了，希望大家帮帮忙，谢谢！
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1楼 2011-12-16 15:21:09
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chuanan027

木虫 (著名写手)
★
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双分子的优化是有些难度的，你按进攻方向调两个分子构型，拉开一定距离，如果优化到一起就再拉远些。一般来说，能优化好的双分子会在微妙的弱作用力下存在。
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Timeandtidewaitfornoman.Comeon,baby!
2楼2011-12-16 23:12:33
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xm-xi

银虫 (小有名气)
★
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你可以通过固定键长度，来优化调节距离很快就能得到初步的过渡态结构，再通过IRC完成
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wanggy789
3楼2011-12-18 14:35:31
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colinmacrean

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
楼: Originally posted by xm-xi at 2011-12-18 14:35:31:
你可以通过固定键长度，来优化调节距离很快就能得到初步的过渡态结构，再通过IRC完成

能否再稍微详细点呢？是固定所有键的长度么？仅调节两个分子之间的距离？

[ Last edited by colinmacrean on 2011-12-19 at 15:05 ]
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4楼2011-12-19 14:54:55
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wangyoucheng

新虫 (初入文坛)
★
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你好，请问你在高斯里对反应物的A和B分子怎么优化的，A和Ｂ放在同一个文档里是吗？　A和B分子之间的距离你是怎么确定的。是随便放的还是怎么的。我遇到这样的问题特向你请教。
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5楼2012-03-16 13:56:27
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wanggy789

禁虫 (初入文坛)
★
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6楼2013-04-01 22:01:49
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shengxiang

木虫 (著名写手)
★
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是不是直接分开优化就行，因为有些复合物一到一起就反应了，类似于那种两种溶液一混合立马剧烈反应一样~
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7楼2013-04-01 23:46:17
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zl541165446

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问下，在不知道结合位点的情况下，怎么样通过高斯去分析金属离子和碱基可能的结合位点呢？  刚刚入门不太懂。请求大神指点
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8楼2016-03-21 14:04:24
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Mr_ANZ

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zl541165446 at 2016-03-21 14:04:24
请问下，在不知道结合位点的情况下，怎么样通过高斯去分析金属离子和碱基可能的结合位点呢？  刚刚入门不太懂。请求大神指点

楼主解决了吗
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9楼2022-03-24 11:11:53
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