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情况是这样的，我在进行分子对接，然后对接完之后，我查看DLG文件，查看最低能量 LOWEST ENERGY DOCKED CONFORMATION from EACH CLUSTER ___________________________________________________ Keeping original residue number (specified in the input PDBQ file) for outputting. MODEL 99 USER Run = 99 USER Cluster Rank = 1 USER Number of conformations in this cluster = 100 USER USER RMSD from reference structure = 62.221 A USER USER Estimated Free Energy of Binding = -5.94 kcal/mol [=(1)+(2)+(3)-(4)] USER Estimated Inhibition Constant, Ki = 44.53 uM (micromolar) [Temperature = 298.15 K] USER USER (1) Final Intermolecular Energy = -5.94 kcal/mol USER vdW + Hbond + desolv Energy = -5.97 kcal/mol USER Electrostatic Energy = +0.03 kcal/mol USER (2) Final Total Internal Energy = +0.00 kcal/mol USER (3) Torsional Free Energy = +0.00 kcal/mol USER (4) Unbound System's Energy = +0.00 kcal/mol 下划线的三项为什么全变成0了，能解释下为什么吗，因为上一个分子算的时候还不为0呢,是不是我哪操作出错了 [ Last edited by muye1001 on 2011-12-15 at 10:35 ] |
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chaizhm: 编辑内容 2012-04-02 18:48
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1 [ Last edited by chaizhm on 2012-4-2 at 18:48 ] |
5楼2012-04-02 17:29:29
2楼2011-12-16 13:57:37
arthurii
木虫 (正式写手)
- 应助: 14 (小学生)
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- 帖子: 902
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- 专业: 药物设计与药物信息
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