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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » AUTODOCK求助
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muye1001

金虫 (小有名气)

[求助] AUTODOCK求助

情况是这样的，我在进行分子对接，然后对接完之后，我查看DLG文件，查看最低能量

LOWEST ENERGY DOCKED CONFORMATION from EACH CLUSTER
        ___________________________________________________



Keeping original residue number (specified in the input PDBQ file) for outputting.

MODEL       99
USER    Run = 99
USER    Cluster Rank = 1
USER    Number of conformations in this cluster = 100
USER  
USER    RMSD from reference structure       = 62.221 A
USER  
USER    Estimated Free Energy of Binding    =   -5.94 kcal/mol  [=(1)+(2)+(3)-(4)]
USER    Estimated Inhibition Constant, Ki   =   44.53 uM (micromolar)  [Temperature = 298.15 K]
USER   
USER    (1) Final Intermolecular Energy     =   -5.94 kcal/mol
USER        vdW + Hbond + desolv Energy     =   -5.97 kcal/mol
USER        Electrostatic Energy            =   +0.03 kcal/mol
USER    (2) Final Total Internal Energy     =   +0.00 kcal/mol USER    (3) Torsional Free Energy           =   +0.00 kcal/mol USER    (4) Unbound System's Energy         =   +0.00 kcal/mol
下划线的三项为什么全变成0了，能解释下为什么吗，因为上一个分子算的时候还不为0呢,是不是我哪操作出错了

[ Last edited by muye1001 on 2011-12-15 at 10:35 ]
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1楼 2011-12-15 10:33:56
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muye1001

金虫 (小有名气)
别沉了，没人会吗？
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2楼2011-12-16 13:57:37
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-12-21 18:59:55
你试试重新构建你的分子结构，然后再做一遍对接试试
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3楼2011-12-21 07:52:04
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muye1001

金虫 (小有名气)
我发现我这分子是刚性的，没有可扭转的键，是不是这样就使得后面三项全为零？
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4楼2011-12-22 08:53:08
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longytu
chaizhm: 编辑内容 2012-04-02 18:48
1

[ Last edited by chaizhm on 2012-4-2 at 18:48 ]
5楼2012-04-02 17:29:29
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