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long杨

铜虫 (小有名气)

[交流] 请帮忙鉴定一下RNA图是怎么回事 已有9人参与

提取的植物总RNA,1 2 重复  
           1   最上面的一条带是不是基因组DNA?
           2  如何消除DNA的污染?
           3  RNA提取质量您觉得怎样?
   谢谢 !

RNA电泳 DL2000
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longrna

新虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
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wanhscn(金币+3): 热心! 2011-12-20 20:00:45
1.靠点样孔最上面的是gDNA污染。生工植物RNA kit里没有DNase I 消化的步骤,所以提出来RNA里有DNA污染属于正常现象。而DNA是双链,在量少的情况下也可以染色染得很亮,会让人感觉DNA量很多。
2.有很多公司都有DNase I(RNase free) 这个东西,专门用来消化RNA里的DNA污染。如ambion, Qiagen, omega等。如果你后续实验对这个gDNA敏感则应该去除DNA。不过去DNA的时候要谨慎处理,否则容易造成RNA降解。
3.RNA的质量挺好的(如没有DNA更好),至于28s是否有比18s亮一倍,跟上样量也有关系,并不是所有上样量都能看出很明显的2:1比例。

其实一般跑普通的琼脂糖凝胶电泳也就是使用DNA marker,稍为检测一下,不用那么介意跑RNA电泳必须使用RNA marker。如果不嫌麻烦且要求高一些,可以跑变性胶,甚至使用Agilent(RNA 6000 Nano kit)检测一下RNA的完整性。
伟大航线....
9楼2011-12-15 11:04:26
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普通回帖

joan198108

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★ ★
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西瓜(金币+2): Good! 2011-12-13 18:59:45
最上面的可能是DNA污染,但是按常理来说不应该有那么高的亮度,是不是操作过程有什么不规范的地方,回查一下。我们提取的RNA通常会经过DNase(RNase free)的处理。一般来说RNA电泳条带应该是三条(植物由于叶绿体的存在可能多余三条),并且有亮度差异,而你的仅有两条且亮度一样。还有就是感觉你的MARKER是不是用的DNA的,感觉不太正常。
2楼2011-12-13 17:48:27
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shaquila

金虫 (正式写手)


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感觉DNA污染太多,楼主用什么体的
3楼2011-12-13 18:18:26
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gene001

金虫 (正式写手)

就是个普通教师


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上面就DNA,DNA去除效果太差了!!!
大家共同交流、共同提高!!!
4楼2011-12-13 18:30:22
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tttyyjj

铁杆木虫 (正式写手)


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你的MARKER怎么象DNA的。
另外,你是不是刚做RNA的实验啊?
5楼2011-12-14 07:22:27
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dingxiuying

木虫 (正式写手)


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如果没有最上面的条带,你提取的RNA基本还是可以做后续试验的。
我喜欢默默地被你注视默默地注视着你,我喜欢深深地被你爱着深深地爱着你
6楼2011-12-14 09:03:16
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dls1987

铁杆木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
DNA污染严重,最上面的条带太亮,MARKER鉴定为应该用的是DNA2000的MARKER,可以选择用DNA酶消化下
7楼2011-12-14 15:33:51
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long杨

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by shaquila at 2011-12-13 18:18:26:
感觉DNA污染太多,楼主用什么体的

有上海生工的植物总RNA提取KIT提的
逝者如斯夫,不舍昼夜
8楼2011-12-15 10:35:34
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longrna

新虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
楼主提取过程只用是1/3体积的无水乙醇来沉淀,所以5S没有沉淀下来。所以只有28S和18S,5S没有故没见到所谓的RNA三条带。
伟大航线....
10楼2011-12-15 11:19:12
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