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long杨

铜虫 (小有名气)

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[交流] 请帮忙鉴定一下RNA图是怎么回事已有9人参与

提取的植物总RNA，1 2 重复
         1 最上面的一条带是不是基因组DNA？
         2  如何消除DNA的污染？
         3  RNA提取质量您觉得怎样？
谢谢！

RNA电泳 DL2000

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逝者如斯夫，不舍昼夜

1楼 2011-12-13 16:21:44

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longrna

新虫 (正式写手)

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wanhscn(金币+3): 热心！ 2011-12-20 20:00:45

1.靠点样孔最上面的是gDNA污染。生工植物RNA kit里没有DNase I 消化的步骤，所以提出来RNA里有DNA污染属于正常现象。而DNA是双链，在量少的情况下也可以染色染得很亮，会让人感觉DNA量很多。
2.有很多公司都有DNase I（RNase free）这个东西，专门用来消化RNA里的DNA污染。如ambion， Qiagen, omega等。如果你后续实验对这个gDNA敏感则应该去除DNA。不过去DNA的时候要谨慎处理，否则容易造成RNA降解。
3.RNA的质量挺好的（如没有DNA更好），至于28s是否有比18s亮一倍，跟上样量也有关系，并不是所有上样量都能看出很明显的2：1比例。

其实一般跑普通的琼脂糖凝胶电泳也就是使用DNA marker，稍为检测一下，不用那么介意跑RNA电泳必须使用RNA marker。如果不嫌麻烦且要求高一些，可以跑变性胶，甚至使用Agilent（RNA 6000 Nano kit）检测一下RNA的完整性。

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伟大航线....

9楼2011-12-15 11:04:26

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joan198108

铁杆木虫 (正式写手)

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西瓜(金币+2): Good! 2011-12-13 18:59:45

最上面的可能是DNA污染，但是按常理来说不应该有那么高的亮度，是不是操作过程有什么不规范的地方，回查一下。我们提取的RNA通常会经过DNase（RNase free）的处理。一般来说RNA电泳条带应该是三条（植物由于叶绿体的存在可能多余三条），并且有亮度差异，而你的仅有两条且亮度一样。还有就是感觉你的MARKER是不是用的DNA的，感觉不太正常。

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2楼2011-12-13 17:48:27

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