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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 请帮忙鉴定一下RNA图是怎么回事
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long杨

铜虫 (小有名气)

[交流] 请帮忙鉴定一下RNA图是怎么回事 已有9人参与

提取的植物总RNA，1 2 重复  
           1   最上面的一条带是不是基因组DNA？
           2  如何消除DNA的污染？
           3  RNA提取质量您觉得怎样？
   谢谢 ！

RNA电泳 DL2000
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逝者如斯夫，不舍昼夜
1楼 2011-12-13 16:21:44
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

longrna

新虫 (正式写手)
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wanhscn(金币+3): 热心！ 2011-12-20 20:00:45
1.靠点样孔最上面的是gDNA污染。生工植物RNA kit里没有DNase I 消化的步骤，所以提出来RNA里有DNA污染属于正常现象。而DNA是双链，在量少的情况下也可以染色染得很亮，会让人感觉DNA量很多。
2.有很多公司都有DNase I（RNase free） 这个东西，专门用来消化RNA里的DNA污染。如ambion， Qiagen, omega等。如果你后续实验对这个gDNA敏感则应该去除DNA。不过去DNA的时候要谨慎处理，否则容易造成RNA降解。
3.RNA的质量挺好的（如没有DNA更好），至于28s是否有比18s亮一倍，跟上样量也有关系，并不是所有上样量都能看出很明显的2：1比例。

其实一般跑普通的琼脂糖凝胶电泳也就是使用DNA marker，稍为检测一下，不用那么介意跑RNA电泳必须使用RNA marker。如果不嫌麻烦且要求高一些，可以跑变性胶，甚至使用Agilent（RNA 6000 Nano kit）检测一下RNA的完整性。
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伟大航线....
9楼2011-12-15 11:04:26
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joan198108

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
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西瓜(金币+2): Good! 2011-12-13 18:59:45
最上面的可能是DNA污染，但是按常理来说不应该有那么高的亮度，是不是操作过程有什么不规范的地方，回查一下。我们提取的RNA通常会经过DNase（RNase free）的处理。一般来说RNA电泳条带应该是三条（植物由于叶绿体的存在可能多余三条），并且有亮度差异，而你的仅有两条且亮度一样。还有就是感觉你的MARKER是不是用的DNA的，感觉不太正常。
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2楼2011-12-13 17:48:27
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shaquila

金虫 (正式写手)
★
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感觉DNA污染太多，楼主用什么体的
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3楼2011-12-13 18:18:26
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gene001

金虫 (正式写手)

就是个普通教师
★
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上面就DNA，DNA去除效果太差了！！！
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大家共同交流、共同提高！！！
4楼2011-12-13 18:30:22
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tttyyjj

铁杆木虫 (正式写手)
★
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你的MARKER怎么象DNA的。
另外，你是不是刚做RNA的实验啊？
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5楼2011-12-14 07:22:27
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dingxiuying

木虫 (正式写手)
★
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如果没有最上面的条带，你提取的RNA基本还是可以做后续试验的。
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我喜欢默默地被你注视默默地注视着你，我喜欢深深地被你爱着深深地爱着你
6楼2011-12-14 09:03:16
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dls1987

铁杆木虫 (正式写手)
★
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DNA污染严重，最上面的条带太亮，MARKER鉴定为应该用的是DNA2000的MARKER，可以选择用DNA酶消化下
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7楼2011-12-14 15:33:51
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long杨

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by shaquila at 2011-12-13 18:18:26:
感觉DNA污染太多，楼主用什么体的

有上海生工的植物总RNA提取KIT提的
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逝者如斯夫，不舍昼夜
8楼2011-12-15 10:35:34
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longrna

新虫 (正式写手)
★
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楼主提取过程只用是1/3体积的无水乙醇来沉淀，所以5S没有沉淀下来。所以只有28S和18S，5S没有故没见到所谓的RNA三条带。
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伟大航线....
10楼2011-12-15 11:19:12
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