24小时热门版块排行榜    

查看: 1144  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

可米kemi

银虫 (小有名气)

[求助] 关于AUTODOCK学习后的一些疑惑求解。

关于AUTODOCK学习后的一些疑惑求解。
    在进行对界前,需要对配体进行去水,加氢,加电荷。现在已经知道了AUTODOCK已经考虑了溶剂效应。那去水,去的是什么水?
    会不会是分子上的水,然后在去水之后把极性氢也给去了,所以才有之后的加氢加电荷?
    如果是这样的话,一开始又为什么要去水呢?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币-20 2012-04-03 18:43:10
chaizhm: 编辑内容 2012-04-03 18:43
1

[ Last edited by chaizhm on 2012-4-3 at 18:43 ]
5楼2012-04-03 07:56:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

thunderay

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


chaizhm(金币+1): 谢谢 2011-11-30 20:39:05
可米kemi(金币+10): 哦,那难道配体就不需要进行去水,加氢,加电荷?而受体以上操作的原因就是我猜地那样?还有我想请教以下如何设置格子大小比较好?虽说设置得越小计算得越精确,可是如果设置的过小,配体转动的范围越小那么会引起误差。因此该如何判断呢?谢谢。 2011-12-01 22:20:16
去水、加氢、加电荷是针对受体的
去的是蛋白的结晶水
2楼2011-11-30 19:28:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thunderay

铁杆木虫 (小有名气)

配体在优化前是要加上氢的
优化的时候会进行电荷处理 在优化参数的charge里可以选类型
格子我还真不太清楚 要考虑配体大小吧
3楼2011-12-02 08:44:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

可米kemi

银虫 (小有名气)

哦,关于格子大小设置,我看了一些帖子,总结起来就是可以按住鼠标中间滚动的地方,转动格子,看是否把对接部分都包进去。
    然后,由于对接的时候用的是LGA方法,重复性可能不是很好。可以通过1.增多对接次数2.多对接几次。
    有个资料上还写着二次对接的,是要在cmd上改的,不过这个我没看懂。
4楼2011-12-02 13:19:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 北科281学硕材料求调剂 +11 tcxiaoxx 2026-03-20 13/650 2026-03-25 15:38 by barlinike
[考研] 302求调剂 +3 锦衣卫藤椒 2026-03-25 3/150 2026-03-25 15:05 by Linda Hu
[考研] 281求调剂 +4 Koxui 2026-03-24 5/250 2026-03-25 11:38 by userper
[考研] 271求调剂 +4 生如夏花… 2026-03-22 4/200 2026-03-25 11:25 by userper
[考研] 一志愿 西北大学 ,070300化学学硕,总分287,双非一本,求调剂。 +4 晨昏线与星海 2026-03-20 4/200 2026-03-25 10:16 by allen-yin
[考研] 0703化学求调剂 +6 奶油草莓. 2026-03-22 7/350 2026-03-25 10:00 by shangxh
[考研] 0854AI CV方向招收调剂 +3 章小鱼567 2026-03-23 3/150 2026-03-24 20:25 by 汪!?!
[考研] 材料与化工328分调剂 +4 。,。,。,。i 2026-03-23 4/200 2026-03-24 11:03 by 544594351
[考研] 344求调剂 +3 desto 2026-03-24 3/150 2026-03-24 10:09 by 搏击518
[考研] 一志愿河北工业大学0817化工278分求调剂 +7 jhybd 2026-03-23 12/600 2026-03-24 09:03 by jhybd
[考研] 284求调剂 +3 yanzhixue111 2026-03-23 6/300 2026-03-23 22:58 by pswait
[考研] 化学308分求调剂 +3 你好明天你好 2026-03-23 3/150 2026-03-23 20:11 by macy2011
[考研] 263求调剂 +6 yqdszhdap- 2026-03-22 9/450 2026-03-23 12:57 by yqdszhdap-
[考研] 一志愿东华大学化学070300,求调剂 +7 2117205181 2026-03-21 8/400 2026-03-22 22:55 by chixmc
[考研] 275求调剂 +6 shansx 2026-03-22 8/400 2026-03-22 15:27 by barlinike
[考研] 考研调剂 +4 来好运来来来 2026-03-21 4/200 2026-03-22 12:15 by 星空星月
[考研] 一志愿华中科技大学071000,求调剂 +4 沿岸有贝壳6 2026-03-21 4/200 2026-03-22 07:21 by ilovexiaobin
[考研] 一志愿深大,0703化学,总分302,求调剂 +4 七月-七七 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:20 by 学员8dgXkO
[考研] 中南大学化学学硕337求调剂 +3 niko- 2026-03-19 6/300 2026-03-20 21:58 by luoyongfeng
[考研] 一志愿南理工085701环境302求调剂院校 +3 葵梓卫队 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:28 by zhukairuo
信息提示
请填处理意见