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可米kemi

银虫 (小有名气)

[求助] 关于AUTODOCK学习后的一些疑惑求解。

关于AUTODOCK学习后的一些疑惑求解。
    在进行对界前，需要对配体进行去水，加氢，加电荷。现在已经知道了AUTODOCK已经考虑了溶剂效应。那去水，去的是什么水？
    会不会是分子上的水，然后在去水之后把极性氢也给去了，所以才有之后的加氢加电荷？
    如果是这样的话，一开始又为什么要去水呢？
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1楼 2011-11-29 21:10:50
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longytu
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币-20 2012-04-03 18:43:10
chaizhm: 编辑内容 2012-04-03 18:43
1

[ Last edited by chaizhm on 2012-4-3 at 18:43 ]
5楼2012-04-03 07:56:58
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thunderay

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
chaizhm(金币+1): 谢谢 2011-11-30 20:39:05
可米kemi(金币+10): 哦，那难道配体就不需要进行去水，加氢，加电荷？而受体以上操作的原因就是我猜地那样？还有我想请教以下如何设置格子大小比较好？虽说设置得越小计算得越精确，可是如果设置的过小，配体转动的范围越小那么会引起误差。因此该如何判断呢？谢谢。 2011-12-01 22:20:16
去水、加氢、加电荷是针对受体的
去的是蛋白的结晶水
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2楼2011-11-30 19:28:20
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thunderay

铁杆木虫 (小有名气)
配体在优化前是要加上氢的
优化的时候会进行电荷处理 在优化参数的charge里可以选类型
格子我还真不太清楚 要考虑配体大小吧
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3楼2011-12-02 08:44:34
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可米kemi

银虫 (小有名气)
哦，关于格子大小设置，我看了一些帖子，总结起来就是可以按住鼠标中间滚动的地方，转动格子，看是否把对接部分都包进去。
    然后，由于对接的时候用的是LGA方法，重复性可能不是很好。可以通过1.增多对接次数2.多对接几次。
    有个资料上还写着二次对接的，是要在cmd上改的，不过这个我没看懂。
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4楼2011-12-02 13:19:21
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