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可米kemi

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[求助] 关于AUTODOCK学习后的一些疑惑求解。

关于AUTODOCK学习后的一些疑惑求解。
在进行对界前，需要对配体进行去水，加氢，加电荷。现在已经知道了AUTODOCK已经考虑了溶剂效应。那去水，去的是什么水？
会不会是分子上的水，然后在去水之后把极性氢也给去了，所以才有之后的加氢加电荷？
如果是这样的话，一开始又为什么要去水呢？

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1楼 2011-11-29 21:10:50

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thunderay

铁杆木虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

★
chaizhm(金币+1): 谢谢 2011-11-30 20:39:05
可米kemi(金币+10): 哦，那难道配体就不需要进行去水，加氢，加电荷？而受体以上操作的原因就是我猜地那样？还有我想请教以下如何设置格子大小比较好？虽说设置得越小计算得越精确，可是如果设置的过小，配体转动的范围越小那么会引起误差。因此该如何判断呢？谢谢。 2011-12-01 22:20:16

去水、加氢、加电荷是针对受体的
去的是蛋白的结晶水